<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I recently set up MAKER on a new computer and am having trouble running a dataset that was run successfully on a different computer. After MAKER is finished, I ran gff3_merge and maker2zff and it returns empty genome.ann and genome.dna files. I have tried installing older versions of dependencies and have tinkered with the control files but I still can't figure out what the issue is. The only difference I can find is that the .all.gff file from a successfully run file has lines at the beginning of the file reporting the success of exonerate. On the failing version of maker - these are not reported - it just goes strait to fasta output. However, exonerate appears to work successfully when run outside of the maker pipeline. Any help would be greatly appreciated.</div>
<div><br></div><div>Thanks!</div><div>Rebecca</div></div>