<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Carson,<br></div><div><br></div>I ran MAKER using RNAseq as evidence (tophat+cufflinks). The gff file is provided to Maker under "est_gff". Maker runs fine but there are a few failed contigs, and these error messages in my log:<br>

<br>ERROR: Non-unique top level ID for 1:JUNC00010801:0<br>While this is technically legal in GFF3, it usually<br>indicates a poorly fomatted GFF3 file (perhaps you<br>tried to merge two GFF3 files without accounting for<br>

unique IDs).  MAKER will not handle these correctly.<br><br>--> rank=2, hostname=safs-raijen<br>ERROR: Failed while prepare section files<br>ERROR: Chunk failed at level:12, tier_type:3<br>FAILED CONTIG:scaffold11129|size28423<br>

<br></div>I do see multiple IDs in my gff. I have 9 RNAseq samples, is the way I merged them causing the error?<br>This is what I've done to prepare the gff:<br></div><br>1. merge cuffmerge output<br><div><div style="margin-left:40px">

cuffmerge -o <outputdir> -p 4 assembly_list.txt<br></div><div style="margin-left:40px">cufflinks2gff3 merged.gtf > merged.gff

</div><div><div><p>2. merge junctions <br></p><p style="margin-left:40px">find -name "junctions.bed" -exec cat {} \; >> all_junctions.bed</p><p style="margin-left:40px">tophat2gff3 all_junctions.bed > all_junctions.gff <br>

</p>3. combine cuffmerge and junctions<br></div><div>
<p style="margin-left:40px">gff3_merge -o tophatandcufflinks.gff merged.gff all_junctions.gff <br></p><p>4. provide in opts file<br></p><p style="margin-left:40px">est_gff=tophatandcufflinks.gff #EST evidence from an external gff3 file
</p><div><br></div><div>Thank you<br><br></div><div>Jenny<br></div><div><br><br><div><br></div></div></div></div></div></div>