<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><div>Carson & Shaun </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">

<div dir="ltr"><div><blockquote style="margin:1.2em 0px;border-left-width:4px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(221,221,221);padding:0px 1em;color:rgb(119,119,119);quotes:none"><p style="margin:1.2em 0px!important">

It doesn’t appear to support eukaryotes though.</p>
</blockquote>
<p style="margin:1.2em 0px!important">Barrnap supports bacteria, archaea, mitochondria and eukaryotes. The <code style="font-size:0.85em;font-family:Consolas,Inconsolata,Courier,monospace;margin:0px 0.15em;padding:0px 0.3em;white-space:pre-wrap;border:1px solid rgb(234,234,234);background-color:rgb(248,248,248);border-top-left-radius:3px;border-top-right-radius:3px;border-bottom-right-radius:3px;border-bottom-left-radius:3px;display:inline">barrnap --help</code> output seems to be out of date.</p>




<blockquote style="margin:1.2em 0px;border-left-width:4px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(221,221,221);padding:0px 1em;color:rgb(119,119,119);quotes:none">
<p style="margin:1.2em 0px!important">Barrnap predicts the location of ribosomal RNA genes in genomes. It supports bacteria (5S,23S,16S), archaea (5S,5.8S,23S,16S), mitochondria (12S,16S) and eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S).</p>

</blockquote></div></div></blockquote><div>It does support eukaryota and mitochondria, I just forgot to push the documentation changes. This has been resolved now in the 0.4.2 release.</div></div><div><br></div><div>  --kingdom [X]     Kingdom: euk arc bac mito (default 'bac')<br>

</div><div><br></div><div>Next release 0.5 will have an 'accurate' mode which will fine tune the predictions using cmalign glocal alignment.<br></div><div><br></div><div>Thanks for your interest!</div><div><br></div>

-- <br><div dir="ltr"><font face="tahoma, sans-serif" size="1"><i>--Dr Torsten Seemann<br>--Victorian Bioinformatics Consortium, Monash University, AUSTRALIA</i></font><div><font face="tahoma, sans-serif"><i><font size="1">--Life Sciences Computation Centre, VLSCI, Parkville, AUSTRALIA<br>

--<a href="http://www.bioinformatics.net.au/" target="_blank">http://www.bioinformatics.net.au/</a></font></i><br></font></div><div><br></div></div>
</div></div>