<div dir="ltr">Sajeet,<br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">

<div dir="ltr">Brief test of barrnap suggests that it does not perform well on rRNA genes with introns such as those found in fungal mitochondria. Setting a lower threshold for --reject and --evalue helps, but is not enough.<div>


Looks like I cannot abandon rnammer for now.</div><div>FYI - if you want to test barrnap with fungal mitochondria, use --kingdom bacteria because they have 23S and 16S unlike the human mitochondria.</div></div></blockquote>

</div><div class="gmail_extra"><br></div>This is good feedback. Paul Gardner also mentioned the intron issue. A "fungi" kingdom is clearly needed. I am not a mycologist so any assistance is coming up with a detailed rRNA architecture for eukaryotict phyla etc is something I have started but need assistance with. Adjustment of nhmmer alignment parameters could be done to improve the intronic rRNAs too.</div>

<div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Here is what I have so far in terms of models:</div><div class="gmail_extra"><div><a href="https://github.com/Victorian-Bioinformatics-Consortium/barrnap/blob/master/README.md#data-sources-for-hmm-models">https://github.com/Victorian-Bioinformatics-Consortium/barrnap/blob/master/README.md#data-sources-for-hmm-models</a><br>

</div><div><div><br></div><div>- do i need to split euk into protist / plant / animal / fungi?</div><div>- should the current 'mito' be places inside the current 'euk' ? as mito data is likely to end up in assemblies, but keep separate for mito-only data?</div>

</div><div>- plastids, chloroplasts, apicoplasts; i am not sure of the subtleties of these organelles' rRNA but am willing to learn.</div><div><br></div><div>Thank you again for testing. Any help appreciated,</div><div>

<br></div>-- <br><div dir="ltr"><font face="tahoma, sans-serif" size="1"><i>--Dr Torsten Seemann<br>--Victorian Bioinformatics Consortium, Monash University, AUSTRALIA</i></font><div><font face="tahoma, sans-serif"><i><font size="1">--Life Sciences Computation Centre, VLSCI, Parkville, AUSTRALIA<br>

--<a href="http://www.bioinformatics.net.au/" target="_blank">http://www.bioinformatics.net.au/</a></font></i><br></font></div><div><br></div></div>
</div></div>