<div dir="ltr">Hi, all,<div><br></div><div>I just finished a fourth and final iterative round with Maker, training predictors in between, and I am very happy with the results.  What I would like to try now is to annotate alternative splicing variants, and I know the ctrl file has the alt_splice option.  </div>
<div>However, I am intrigued by the lack of information regarding this option.  I could not find many discussions in this group, and most genome publications using Maker are unclear about whether they annotated alternative transcrips, so my guess is they didn't.  </div>
<div>So I was wondering whether there is a reason for that.  Is that function not well developed in Maker?  Should I stay away from it?</div><div><br></div><div>Assuming it is OK to give it a try (provided I don't get discouraged here), what is the best approach to take, considering I already obtained what I considered is a solid set of gene models after four rounds of annotation?  Should I start over by turning on alt_splice, and training gene predictors from those outputs?  Or would it be appropriate to simply repeat my latest round, changing only alt_splice=1?  </div>
<div><br></div><div><br></div><div>Thanks for any help.  I can see the light at the end of the tunnel!</div><div><br></div><div>Felipe</div><div><div><br></div>-- <br>Felipe Barreto<br>Post-doctoral Scholar<br>Scripps Institution of Oceanography<br>
University of California, San Diego<br>La Jolla, CA 92093
</div></div>