<div dir="ltr">Hi, all,<div><br></div><div>I should have confirmed this well before starting my Maker runs, but better now than never.</div><div><br></div><div>When generating a merged gff file to be used for SNAP training, is it OK to use the default gff output from gff3_merge, which contains all protein/EST evidence alignments (this is what I did)?  Or should I have generated a gene models-only merged gff (using the -g flag) for training?  I assume the Maker flag within the larger gff file will allow the subsequent scripts (e.g. maker2zff) to ignore the other alignments, but just wanted to check.</div>
<div><br></div><div>Thanks again!</div><div><br>Felipe </div><div><div><br></div><br></div></div>