<div dir="ltr"><div>I'm going through the Maker tutorial and saw that among the input files you give it, there's a fasta file with proteins (the <span style="font-family:courier new,monospace">protein=xxx</span> parameter in the <span style="font-family:courier new,monospace">maker_opts.ctl</span> file).<br>

<br>What exactly are these proteins? I thought Maker both predicts genes (i.e. proteins) and also annotates them. Does it only do annotation of already predicted genes/proteins? But then, why is it using gene predictors like Augustus, SNAP, etc?<br>

<br></div>Thanks,<br>Panos<br></div>