<div dir="ltr">Hi, all, <div><br></div><div>I finished generating Maker gene models.  Following suggestions here and from publications, I used IPRscan on the set of non-ovelapping ab initio protein models.  This identified ~200 models with protein domains, and I would like to add those to my final gene set.  </div>
<div><br></div><div>However, I am having trouble figuring out how to use Maker's options to update my final maker_genome.gff file to include these 200 models, without also adding the remaining ~8000 non-overlapping models I don't want.   The discussions about the re-annotation options don't seem to get at this.</div>
<div><br></div><div>Do I have to first find a way to create a new gff file containing only the 200 new models, and then simply use gff3_merge with the full genome gff?  </div><div><br></div><div>At this point, I am not concerned about incorporating IPRscan functional info into the gff file.  I want simply to generate an updated (and final) gene set and then move on to functional annotation.</div>
<div><br></div><div><br></div><div>Thanks yet again!</div><div><br></div><div>Felipe</div><div><br clear="all"><div><br></div></div></div>