<div dir="ltr">Thanks Brandi.<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 28, 2014 at 1:11 PM, Brandi Cantarel <span dir="ltr"><<a href="mailto:b.cantarel@gmail.com" target="_blank">b.cantarel@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="auto"><div>Maker's predictions are improved with evidence.  These proteins can be from uniprot (I recommend uniprot50) or from a closely related taxa.</div>

<div><br></div><div>Maker uses comparisons to these proteins in its prediction.  There is more detail on this in the paper.<br><br>Sent from my iPhone</div><div><div class="h5"><div><br>On May 28, 2014, at 3:26, Panos Ioannidis <<a href="mailto:panos.ioannidis@gmail.com" target="_blank">panos.ioannidis@gmail.com</a>> wrote:<br>

<br></div><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr"><div>I'm going through the Maker tutorial and saw that among the input files you give it, there's a fasta file with proteins (the <span style="font-family:courier new,monospace">protein=xxx</span> parameter in the <span style="font-family:courier new,monospace">maker_opts.ctl</span> file).<br>



<br>What exactly are these proteins? I thought Maker both predicts genes (i.e. proteins) and also annotates them. Does it only do annotation of already predicted genes/proteins? But then, why is it using gene predictors like Augustus, SNAP, etc?<br>



<br></div>Thanks,<br>Panos<br></div>
</div></blockquote></div></div><blockquote type="cite"><div><span>_______________________________________________</span><br><span>maker-devel mailing list</span><br><span><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a></span><br>

<span><a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a></span><br></div></blockquote></div></blockquote>

</div><br></div>