<div dir="ltr">Thanks.<br><div><br>Just curious: how would the intended behavior differ if keep_pred was set to, say, 0.5, instead of 0 or 1?<br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div dir="ltr"><br>

--<br>Daniel S. Standage<br>Ph.D. Candidate<br>Computational Genome Science Laboratory<br>Indiana University<br></div></div>
<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 29, 2014 at 4:44 PM, Daniel Ence <span dir="ltr"><<a href="mailto:dence@genetics.utah.edu" target="_blank">dence@genetics.utah.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div style="word-wrap:break-word">
Hi Daniel, 
<div><br>
</div>
<div>Your interpretation of the code is correct. keep_preds is a binary setting. There's been some discussion behind-the-scenes about making it more flexible, but that hasn't been implemented yet. We need to fix what it says in the control file. </div>


<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>
<div><span style="font-family:Tahoma;font-size:small">Daniel Ence</span></div>
<div><span style="font-family:Tahoma;font-size:small">Graduate Student</span></div>
<div><a href="mailto:dence@genetics.utah.edu" target="_blank">dence@genetics.utah.edu</a><br style="font-family:Tahoma;font-size:small">
<span style="font-family:Tahoma;font-size:small">Eccles Institute of Human Genetics</span><br style="font-family:Tahoma;font-size:small">
<span style="font-family:Tahoma;font-size:small">University of Utah</span><br style="font-family:Tahoma;font-size:small">
<span style="font-family:Tahoma;font-size:small">15 North 2030 East, Room 2100</span><br style="font-family:Tahoma;font-size:small">
<span style="font-family:Tahoma;font-size:small">Salt Lake City, UT 84112-5330</span></div>
</div>
<br>
<div>
<div>On May 29, 2014, at 2:37 PM, Daniel Standage <<a href="mailto:daniel.standage@gmail.com" target="_blank">daniel.standage@gmail.com</a>></div>
<div> wrote:</div>
<br>
<blockquote type="cite"><div><div class="h5">
<div dir="ltr">
<div>
<div>Good afternoon!<br>
</div>
<br>
I have a quick question about the keep_pred setting in Maker. In older versions of Maker, this was a binary value indicating whether unsupported predictions should be kept. I'm now using Maker 2.31.3, where it's described as a scaled value indicating a "concordance
 threshold" for unsupported predictions. As far as I can tell from the code, however, it's still treated in the same way as before.<br>
<br>
</div>
Could you briefly describe the motivation for this setting and the intended (although possibly incomplete) change in its functionality in new versions of Maker?<br>
<br>
Thanks!<br clear="all">
<div>
<div>
<div dir="ltr"><br>
--<br>
Daniel S. Standage<br>
Ph.D. Candidate<br>
Computational Genome Science Laboratory<br>
Indiana University<br>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div>