Using the example data, I can not run maker successfully.<br><br>Please see the following:<br><br>[root@c0105 test3]# ls -l<br>total 72<br>-rw-r--r--. 1 root root 32712 May 29 02:46 dpp_contig.fasta<br>-rw-r--r--. 1 root root 19138 May 29 02:46 dpp_est.fasta<br>-rw-r--r--. 1 root root  3045 May 29 02:46 dpp_protein.fasta<br>-rw-r--r--. 1 root root  1413 May 29 02:46 maker_bopts.ctl<br>-rw-r--r--. 1 root root  1288 May 29 02:46 maker_exe.ctl<br>-rw-r--r--. 1 root root  4630 May 29 04:27 maker_opts.ctl<br>[root@c0105 test3]# maker<br>STATUS: Parsing control files...<br>STATUS: Processing and indexing input FASTA files...<br>STATUS: Setting up database for any GFF3 input...<br>A data structure will be created for you at:<br>/home/fastq/annotation/test3/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore<br><br>To access files for individual sequences use the datastore index:<br>/home/fastq/annotation/test3/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_master_datastore_index.log<br><br>STATUS: Now running MAKER...<br>examining contents of the fasta file and run log<br><br><br><br>--Next Contig--<br><br>#---------------------------------------------------------------------<br>Now starting the contig!!<br>SeqID: contig-dpp-500-500<br>Length: 32156<br>#---------------------------------------------------------------------<br><br><br>setting up GFF3 output and fasta chunks<br>doing repeat masking<br>running  repeat masker.<br>#--------- command -------------#<br>Widget::RepeatMasker:<br>cd /tmp/maker_g7CIeW; /usr/local/RepeatMasker/RepeatMasker /home/fastq/annotation/test3/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500/0/contig-dpp-500-500.0.all.rb -species all -dir /home/fastq/annotation/test3/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500/0 -pa 1<br>#-------------------------------#<br>which: no cross_match in (/usr/local/bin)<br>CrossmatchSearchEngine::setPathToEngine( /usr/local/bin/cross_match ): Program does not exist! at /usr/local/RepeatMasker/RepeatMasker line 519.<br>ERROR: RepeatMasker failed<br>--> rank=NA, hostname=c0105<br>ERROR: Failed while doing repeat masking<br>ERROR: Chunk failed at level:0, tier_type:1<br>FAILED CONTIG:contig-dpp-500-500<br><br>ERROR: Chunk failed at level:2, tier_type:0<br>FAILED CONTIG:contig-dpp-500-500<br><br>examining contents of the fasta file and run log<br><br><br><br>--Next Contig--<br><br>Processing run.log file...<br>MAKER WARNING: The file dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500/0/contig-dpp-500-500.0.all.rb.out<br>did not finish on the last run and must be erased<br>#---------------------------------------------------------------------<br>Now retrying the contig!!<br>SeqID: contig-dpp-500-500<br>Length: 32156<br>Tries: 2!!<br>#---------------------------------------------------------------------<br><br><br>setting up GFF3 output and fasta chunks<br>doing repeat masking<br>running  repeat masker.<br>#--------- command -------------#<br>Widget::RepeatMasker:<br>cd /tmp/maker_g7CIeW; /usr/local/RepeatMasker/RepeatMasker /home/fastq/annotation/test3/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500/0/contig-dpp-500-500.0.all.rb -species all -dir /home/fastq/annotation/test3/dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500/0 -pa 1<br>#-------------------------------#<br>which: no cross_match in (/usr/local/bin)<br>CrossmatchSearchEngine::setPathToEngine( /usr/local/bin/cross_match ): Program does not exist! at /usr/local/RepeatMasker/RepeatMasker line 519.<br>ERROR: RepeatMasker failed<br>--> rank=NA, hostname=c0105<br>ERROR: Failed while doing repeat masking<br>ERROR: Chunk failed at level:0, tier_type:1<br>FAILED CONTIG:contig-dpp-500-500<br><br>ERROR: Chunk failed at level:2, tier_type:0<br>FAILED CONTIG:contig-dpp-500-500<br><br>examining contents of the fasta file and run log<br><br><br><br>--Next Contig--<br><br>Processing run.log file...<br>MAKER WARNING: The file dpp_contig.maker.output/dpp_contig_datastore/05/1F/contig-dpp-500-500//theVoid.contig-dpp-500-500/0/contig-dpp-500-500.0.all.rb.out<br>did not finish on the last run and must be erased<br><br><br>Maker is now finished!!!<br><br><br><br>Start_time: 1401761680<br>End_time:   1401761688<br>Elapsed:    8<br><br>Thnaks.<br><br>Sihua<br>