<div dir="ltr"><div><div><div>Thanks everyone for your responses recently!<br><br></div>The reason for my recent flurry of email activity is that I'm seeing some unexpected trends when running the new version of Maker with precomputed alignments. Compared with an annotation I did a while ago (Maker 2.10, Maker-computed alignments), this new annotation has a substantial number of new genes annotated. If I compare distributions of AED scores between the old and new annotation, it's clear that the new annotation has a lot more low-quality models. If I look at new gene models that do not overlap with any gene model from the old annotation, the likelihood that it's a low-quality model is much higher.<br>

<br></div>I decided to run a little experiment. I annotated a scaffold first using Maker 2.10 and then using Maker 2.31.3. I both cases, I used the same pre-computed transcript and protein alignments and the same (latest) version of SNAP as the only <i>ab initio</i> predictor. Maker 2.10 predicted 44 genes while Maker 2.31.3 predicted 63. If we group gene models into loci by overlap, there are 33 loci with gene models from both 2.10 and 2.31.3, 1 locus with only models from 2.10, and 28 loci with only models from 2.31.3.<br>

<br></div>Before this experiment, I assumed the issue was related to providing pre-computed alignments in GFF3 format and perhaps violating some important assumption. However, this experiment makes me wonder whether there have been changes to how Maker filters <i>ab initio</i> gene models between version 2.10 and version 2.31.3? Do you have any ideas? If it would help, I could put together a small data set that reproduces the behavior I just described.<br>

<br>Thanks!<br clear="all"><div><div><div><div><div><div dir="ltr"><br>--<br>Daniel S. Standage<br>Ph.D. Candidate<br>Computational Genome Science Laboratory<br>Indiana University<br></div></div>
</div></div></div></div></div>