<div dir="ltr">OK, I see.  I will just use grep to extract the desired features from the full.gff and merge them with gff3_merge.  Don't know why I was making it more complicated.  I guess I don't understand gff formats very well quite yet.<div>
<br></div><div>Thanks yet again!</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 5, 2014 at 12:08 PM, Daniel Ence <span dir="ltr"><<a href="mailto:dence@genetics.utah.edu" target="_blank">dence@genetics.utah.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


<div style="word-wrap:break-word">
Hi Felipe, I seem to remember that some of the gene model names did change when I did things similar to what you described. I think that you could accomplish the same thing with some cat and grep commands on the full gff. That would avoid the trouble of rerunning
 maker. Something like "cat full.gff | grep -P "\trepeatrunner\t" > tmp.gff " would get you started.   
<div><br>
</div>
<div>~Daniel</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div>
<div><span style="font-family:Tahoma;font-size:small">Daniel Ence</span></div>
<div><span style="font-family:Tahoma;font-size:small">Graduate Student</span></div>
<div><a href="mailto:dence@genetics.utah.edu" target="_blank">dence@genetics.utah.edu</a><br style="font-family:Tahoma;font-size:small">
<span style="font-family:Tahoma;font-size:small">Eccles Institute of Human Genetics</span><br style="font-family:Tahoma;font-size:small">
<span style="font-family:Tahoma;font-size:small">University of Utah</span><br style="font-family:Tahoma;font-size:small">
<span style="font-family:Tahoma;font-size:small">15 North 2030 East, Room 2100</span><br style="font-family:Tahoma;font-size:small">
<span style="font-family:Tahoma;font-size:small">Salt Lake City, UT 84112-5330</span></div>
</div>
<br>
<div>
<div>On Jun 5, 2014, at 12:01 PM, Felipe Barreto <<a href="mailto:fbarreto@ucsd.edu" target="_blank">fbarreto@ucsd.edu</a>></div>
<div> wrote:</div>
<br>
<blockquote type="cite"><div><div class="h5">
<div dir="ltr">Hi, all,
<div><br>
</div>
<div>I would like to produce a gff file that contains Maker gene models AND repeats.  I know that using gff3_merge with -g will generate one with only the gene models, but I didn't see any options for adding additional tracks.</div>

<div><br>
</div>
<div>The way I did this was to use the Re-annotation section in the control file.  I provided the original full gff file in maker_gff, and turned on the rm_pass and model_pass.  All other options in the control file were turned off.  This seemed to work, though
 it also added a 'model_gff:maker' track, which is not a problem for me.  I compared a few new and original scaffolds in Apollo, and all seem to match perfectly.  But since I cannot check the whole genome, I was wondering if what I did was appropriate.  Are
 all the gene models (and their names) and repeat alignments identical between the new and original files?  Or is Maker potentially changing a few things since it's treated as a new run?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks!<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
Felipe Barreto<br>
<br>
</div>
</div></div></div><div class="">
_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</div></blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Felipe Barreto<br>Post-doctoral Scholar<br>Scripps Institution of Oceanography<br>University of California, San Diego<br>La Jolla, CA 92093
</div>