<div dir="ltr">Hi, all,<div><br></div><div>I would like to produce a gff file that contains Maker gene models AND repeats.  I know that using gff3_merge with -g will generate one with only the gene models, but I didn't see any options for adding additional tracks.</div>
<div><br></div><div>The way I did this was to use the Re-annotation section in the control file.  I provided the original full gff file in maker_gff, and turned on the rm_pass and model_pass.  All other options in the control file were turned off.  This seemed to work, though it also added a 'model_gff:maker' track, which is not a problem for me.  I compared a few new and original scaffolds in Apollo, and all seem to match perfectly.  But since I cannot check the whole genome, I was wondering if what I did was appropriate.  Are all the gene models (and their names) and repeat alignments identical between the new and original files?  Or is Maker potentially changing a few things since it's treated as a new run?</div>
<div><br></div><div>Thanks!<br clear="all"><div><br></div>-- <br>Felipe Barreto<br><br></div></div>