
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none"><!-- p { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; }--></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="OWAFontStyleDivID" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">

<p>Hi,<br>

</p>

<p><br>

</p>

<p>I am trying to predict gene models from protein evidence, using the parameter protein2genome set to 1.<br>

</p>

<p><br>

</p>

<p>I get gene models predicted if I provide the proteins as a fasta file, but not as gff (I want to use a gff format to avoid the blastx step again). Is this expected?<br>

</p>

<p><br>

</p>

<p>In case of transcriptome evidence and est2genome set to 1, I get gene models predicted with both fasta and gff formats.<br>

</p>

<p><br>

</p>

<p>Thanks,<br>

</p>

<p>Ranjani<br>

</p>

</div>

</body>

</html>