<div dir="ltr">I got back to my annotations this past week and have a couple of questions!<div><br></div><div>1) Since my organism isn't closely related with any other that's already sequenced, I will have to run maker twice (according to the tutorial). So for the first run I see that some people use only the ESTs and some others use ESTs and a protein database (CEGMA, Uniref50, Swiss-Prot, etc). I guess that the ESTs will give better models, but for the cases where genes aren't covered by an EST, it's okay to have a protein database to detect them as well. Am I right? What do you think?</div>

<div><br></div><div>2) In case I use both ESTs and a protein database how should I set the <font face="courier new, monospace">est2genome</font> and <font face="courier new, monospace">protein2genome</font> parameters in the <font face="courier new, monospace">maker_opts.ctl</font> file? Should they both equal to "1"?</div>

<div><br></div><div>3) I've been thinking of running the BLAST searches separately and giving Maker directly the results. I guess that in this case, I'll have to first convert the BLAST output to a gff3 file and give it to the <font face="courier new, monospace">protein_gff</font> parameter, right?</div>

<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Panos</div></div>