<div dir="ltr"><div><div>Greetings!<br><br>I have a quick question about Maker's handling of tRNAscan output, particularly tRNAs containing introns. If I haven't missed something, it looks like Maker reports the second exon on the opposite strand as the first exon, the tRNA feature, and the gene feature? Am I reading this correctly?<br>

<br></div>I don't think this representation makes sense. The second exon is complementary to the first (hence the folding), but it is not encoded on or transcribed from the opposite strand. Unless I've misunderstood something, I would suggest that the correct representation would be to have all features on the same strand.<br>

<br></div>Thanks,<br>Daniel<br clear="all"><div><div><div><div><div dir="ltr"><br>--<br>Daniel S. Standage<br>Ph.D. Candidate<br>Computational Genome Science Laboratory<br>Indiana University<br></div></div>
</div></div></div></div>