<div dir="ltr">Greetings!<div><br></div><div>I am exploring the use of MAKER-P. But I need your advice in determining if MAKER-P is the best choice for me.</div><div><br></div><div>In the recent past, I've tried using the AUGUSTUS --profile option which allows for user defined protein profiles to be used as query. </div><div><br></div><div>I am interested in predicted gene-like structures in intergenic regions (I've masked away genic regions as predicted by genome annotation pipeline) - in some orphan legume plant species - so not much in the way of extrinsic / external data in the way of EST, NGS data - let alone extrinsic data that might map to so called intergenic regions i.e. whatever little data there exists, has been already used to predict 'genes'.</div><div><br></div><div>When I tried using --profile option of AUGUSTUS, I was not satisfied with the frequency and magnitude of fusion genes. Additionally, there was no easy way for me to consolidate gene-like structures that varied, but overlapped when using different protein profiles as queries (one profile per Pfam HMM within a 4 member clan).</div><div><br></div><div>Additionally, training all the orphan legume species is not an exciting undertaking... because of time and computing resource requirements.</div><div><br></div><div>All this led me to consider MAKER-P as an option. Based on what I've described above, do you think I should proceed with trying to use MAKER-P for my purposes?</div><div><br></div><div>Thank you, in advance.</div><div><br></div><div>Sincerely,</div><div>Anand<br><div><br></div><div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="color:rgb(102,102,102)">Anand K.S. Rao </span> </font><font size="1" color="#666666" face="arial, helvetica, sans-serif"><font>PhD candidate, </font><a href="http://www-plb.ucdavis.edu/" target="_blank">Plant Biology</a> with a <a href="http://deb.ucdavis.edu/" target="_blank">Designated Emphasis in Biotechnology</a></font><span style="color:rgb(102,102,102);font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:x-small">, </span><div><span style="color:rgb(102,102,102);font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:x-small"><a href="http://ucdavis.edu/" target="_blank">UC- Davis</a>,  CA - 95616 USA   |   </span><span style="color:rgb(102,102,102);font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:x-small"><a href="mailto:aksrao@ucdavis.edu" target="_blank">aksrao@ucdavis.edu</a>   |   (530) 574-5134   |   <a href="http://www.linkedin.com/in/anandksrao" target="_blank">LinkedIn</a></span></div><div><span style="color:rgb(153,153,153);font-size:x-small">_________________________________________________________________________</span></div><div><span style="color:rgb(153,153,153);font-size:x-small">  CTTATTGTTGAACTTOAATGGTGCTAATGA</span><span style="color:rgb(153,153,153);font-size:x-small">TCCTCGTOTCTCCTGAACGT - </span><span style="color:rgb(153,153,153);font-size:x-small">translate THAT!</span><br></div></div>
</div></div></div>