<div dir="ltr"><div><div>Hi Daniel,<br><br></div>Thanks for the mail. Yes, that was one of the sources I considered, but as the same input gff3 files have been successfully used in other maker runs, I've excluded them from potential cause. <br>Believe it has to do with the collation of the expected 5 chunk gffs of the scaffold2, have not had a confirmation or disapproval of this though.<br><br></div>Best wishes,<br>Irina<br><div><br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 24, 2014 at 2:51 PM, Daniel Ence <span dir="ltr"><<a href="mailto:dence@genetics.utah.edu" target="_blank">dence@genetics.utah.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Hi Irina, 
<div><br>
</div>
<div>Have you looked through your input for the duplicate IDs that the error talks about? It looks like some of your input files contain features with the same ID. </div>
<div><br>
</div>
<div>~Daniel</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div><div><div class="h5">
<div>On Oct 24, 2014, at 7:17 AM, Irina Armean <<a href="mailto:iarmean@ebi.ac.uk" target="_blank">iarmean@ebi.ac.uk</a>> wrote:</div>
<br>
</div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
<div dir="ltr">Dear all,<br>
<br>
I can't get a subset of <span>contigs</span> to finish, they keep failing.
<br>
<br>
The log below is of a 519 992 long and max_<span>dna</span>_<span>len</span>=100000. No
<span>gff</span> file is created. Just
<a href="http://evidence_0.gff.an/" target="_blank">evidence_0.<span>gff</span>.an</a> contains data (blast, protein2genome), the other 4 are empty (evidence_1, evidence_2, evidence_3, evidence_4).<br>
<br>
<br>
<font size="1">...processing 30 of 32<br>
 ...processing 31 of 32<br>
total clusters:5 now processing 0<br>
flattening protein clusters<br>
prepare section files<br>
Gathering GFF3 input into hits - chunk:0<br>
ERROR: Non-unique top level ID for<br>
While this is technically legal in GFF3, it usually<br>
indicates a poorly <span>fomatted</span> GFF3 file (perhaps you<br>
tried to merge two GFF3 files without accounting for<br>
unique IDs).  MAKER will not handle these correctly.<br>
<br>
--> rank=NA, <span>hostname</span>=<a href="http://ebi3-202.ebi.ac.uk/" target="_blank">ebi3-202.<span>ebi</span>.ac.<span>uk</span></a><br>
ERROR: Failed while prepare section files<br>
ERROR: Chunk failed at level:12, tier_type:3<br>
FAILED <span>CONTIG</span>:scaffold2<br>
<br>
ERROR: Chunk failed at level:4, tier_type:0<br>
FAILED <span>CONTIG</span>:scaffold2<br>
<br>
examining contents of the <span>fasta</span> file and run log<br>
<br>
<br>
<br>
--Next <span>Contig</span>--</font><br>
<br>
Any suggestions much appreciated.<br>
<br>
Best wishes,<br>
Irina<br clear="all">
<br>
-- <br>
<br>
</div></div></div>
_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div></div>