<div dir="ltr">Dear all,<br><br>I can't get a subset of <span tabindex="-1" id=":2n3.1" style class="">contigs</span> to finish, they keep failing. <br><br>The log below is of a 519 992 long and max_<span tabindex="-1" id=":2n3.2" style class="">dna</span>_<span tabindex="-1" id=":2n3.3" style class="">len</span>=100000. No <span tabindex="-1" id=":2n3.4" style class="">gff</span> file is created. Just <a href="http://evidence_0.gff.an/" target="_blank">evidence_0.<span tabindex="-1" id=":2n3.5" style class="">gff</span>.an</a> contains data (blast, protein2genome), the other 4 are empty (evidence_1, evidence_2, evidence_3, evidence_4).<br><br><br><font size="1"> ...processing 30 of 32<br> ...processing 31 of 32<br>total clusters:5 now processing 0<br>flattening protein clusters<br>prepare section files<br>Gathering GFF3 input into hits - chunk:0<br>ERROR: Non-unique top level ID for<br>While this is technically legal in GFF3, it usually<br>indicates a poorly <span tabindex="-1" id=":2n3.6" style class="">fomatted</span> GFF3 file (perhaps you<br>tried to merge two GFF3 files without accounting for<br>unique IDs).  MAKER will not handle these correctly.<br><br>--> rank=NA, <span tabindex="-1" id=":2n3.7" style class="">hostname</span>=<a href="http://ebi3-202.ebi.ac.uk/" target="_blank">ebi3-202.<span tabindex="-1" id=":2n3.8" style class="">ebi</span>.ac.<span tabindex="-1" id=":2n3.9" style class="">uk</span></a><br>ERROR: Failed while prepare section files<br>ERROR: Chunk failed at level:12, tier_type:3<br>FAILED <span tabindex="-1" id=":2n3.10" style class="">CONTIG</span>:scaffold2<br><br>ERROR: Chunk failed at level:4, tier_type:0<br>FAILED <span tabindex="-1" id=":2n3.11" style class="">CONTIG</span>:scaffold2<br><br>examining contents of the <span tabindex="-1" id=":2n3.12" style class="">fasta</span> file and run log<br><br><br><br>--Next <span tabindex="-1" id=":2n3.13" style class="">Contig</span>--</font><br><br>Any suggestions much appreciated.<br><br>Best wishes,<br>Irina<br clear="all"><br>-- <br><br></div>