<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:#0b5394">Hi Mike,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:#0b5394"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:#0b5394">Please find the gff3 file attached with this email. Thanks a lot for the very prompt response.</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(11,83,148)"><font><span style="font-family:verdana,sans-serif">Sincerely,</span></font></span></div><div><span style="color:rgb(11,83,148)"><font><span style="font-family:verdana,sans-serif">Saranya Sankaranarayanan</span></font></span></div><div><div><span style="color:rgb(11,83,148)"><font><span style="font-family:verdana,sans-serif">Master's Student, SoIC</span></font></span></div><div><span style="color:rgb(11,83,148)"><font><span style="font-family:verdana,sans-serif">Indiana University</span></font></span></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Sun, Nov 9, 2014 at 1:01 AM, Michael Campbell <span dir="ltr"><<a href="mailto:michael.s.campbell1@gmail.com" target="_blank">michael.s.campbell1@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Sranya,<div><br></div><div>If you can send me a copy of your gff3 file I can look at it and see why you are getting the error. That is a pretty young accessory script so there may be something in your file that it has't seen before.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Mike</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Sat, Nov 8, 2014 at 11:58 AM, Saranya Sankaranarayanan <span dir="ltr"><<a href="mailto:sarasank@umail.iu.edu" target="_blank">sarasank@umail.iu.edu</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:#0b5394"><span style="color:rgb(0,0,0)">Hi Maker authors,</span><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div style="font-size:small"><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div style="font-size:small"><font color="#000000" face="verdana, sans-serif">I am new to using Maker. I have a few basic questions.</font></div><div style="font-size:small"><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div style="font-size:small"><font color="#000000" face="verdana, sans-serif">I have the maker annotation complete and I ran the </font></div><div style="font-size:small"><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><span style="font-size:11pt;line-height:115%">gff3_merge -n -d </span><span style="font-size:11pt;line-height:115%">genome_master_datastore_index.log - </span> to create the gff file<br><br>After that, I used the script  AED_cdf_generator.pl to obtain the AED plot, while I get the error:</font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><div style="font-size:14.4444446563721px;line-height:16.8666667938232px">Use of uninitialized value $total in division (/) at ./AED_cdf_generator.pl line 43.</div><div style="font-size:14.4444446563721px;line-height:16.8666667938232px">Illegal division by zero at ./AED_cdf_generator.pl line 43.</div><div style="font-size:14.4444446563721px;line-height:16.8666667938232px"><br></div>I parsed my gff file as:<br>AED_cdf_generator.pl -b 0.025 maker.gff<br><br>Could anyone please help me with this error? Thank you. It looks like no value is parsed to the variable total, but I am not able to decipher why.</font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div><font face="verdana, sans-serif">Regards,</font></div><div><font face="verdana, sans-serif">Saranya</font></div>
</div>
</div><br></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
<br></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Michael Campbell MS, RD.<br>Doctoral Candidate<br>Eccles Institute of Human Genetics<br>
University of Utah<br>
15 North 2030 East, Room 2100<br>
Salt Lake City, UT 84112-5330<br>ph:585-3543<br><br></div></div>
</font></span></div>
</blockquote></div><br></div>