<div dir="ltr">Hi Saranya,<div><br></div><div>I fixed the AED_cdf_generator.pl scrip and added it to the svn repository for MAKER so it will be available in the next MAKE release. If you are using the svn repository you can do an svn update and get the new version of the script in the MAKER bin. If not I've attached a copy of the script to this email (I removed the .pl extension to the file since some email servers will block .pl files). let me know if you have any more problems with it.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Mike</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Nov 9, 2014 at 9:33 AM, Saranya Sankaranarayanan <span dir="ltr"><<a href="mailto:sarasank@umail.iu.edu" target="_blank">sarasank@umail.iu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:#0b5394">Hi Mike,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:#0b5394"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:#0b5394">Please find the gff3 file attached with this email. Thanks a lot for the very prompt response.</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(11,83,148)"><font><span style="font-family:verdana,sans-serif">Sincerely,</span></font></span></div><div><span style="color:rgb(11,83,148)"><font><span style="font-family:verdana,sans-serif">Saranya Sankaranarayanan</span></font></span></div><div><div><span style="color:rgb(11,83,148)"><font><span style="font-family:verdana,sans-serif">Master's Student, SoIC</span></font></span></div><div><span style="color:rgb(11,83,148)"><font><span style="font-family:verdana,sans-serif">Indiana University</span></font></span></div></div></div></div></div><div><div class="h5">
<br><div class="gmail_quote">On Sun, Nov 9, 2014 at 1:01 AM, Michael Campbell <span dir="ltr"><<a href="mailto:michael.s.campbell1@gmail.com" target="_blank">michael.s.campbell1@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Sranya,<div><br></div><div>If you can send me a copy of your gff3 file I can look at it and see why you are getting the error. That is a pretty young accessory script so there may be something in your file that it has't seen before.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Mike</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Sat, Nov 8, 2014 at 11:58 AM, Saranya Sankaranarayanan <span dir="ltr"><<a href="mailto:sarasank@umail.iu.edu" target="_blank">sarasank@umail.iu.edu</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:#0b5394"><span style="color:rgb(0,0,0)">Hi Maker authors,</span><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div style="font-size:small"><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div style="font-size:small"><font color="#000000" face="verdana, sans-serif">I am new to using Maker. I have a few basic questions.</font></div><div style="font-size:small"><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div style="font-size:small"><font color="#000000" face="verdana, sans-serif">I have the maker annotation complete and I ran the </font></div><div style="font-size:small"><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><span style="font-size:11pt;line-height:115%">gff3_merge -n -d </span><span style="font-size:11pt;line-height:115%">genome_master_datastore_index.log - </span> to create the gff file<br><br>After that, I used the script  AED_cdf_generator.pl to obtain the AED plot, while I get the error:</font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><div style="font-size:14.4444446563721px;line-height:16.8666667938232px">Use of uninitialized value $total in division (/) at ./AED_cdf_generator.pl line 43.</div><div style="font-size:14.4444446563721px;line-height:16.8666667938232px">Illegal division by zero at ./AED_cdf_generator.pl line 43.</div><div style="font-size:14.4444446563721px;line-height:16.8666667938232px"><br></div>I parsed my gff file as:<br>AED_cdf_generator.pl -b 0.025 maker.gff<br><br>Could anyone please help me with this error? Thank you. It looks like no value is parsed to the variable total, but I am not able to decipher why.</font></div><div><font color="#000000" face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div><font face="verdana, sans-serif">Regards,</font></div><div><font face="verdana, sans-serif">Saranya</font></div>
</div>
</div><br></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
<br></blockquote></div><span><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Michael Campbell MS, RD.<br>Doctoral Candidate<br>Eccles Institute of Human Genetics<br>
University of Utah<br>
15 North 2030 East, Room 2100<br>
Salt Lake City, UT 84112-5330<br>ph:585-3543<br><br></div></div>
</font></span></div>
</blockquote></div><br></div></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Michael Campbell MS, RD.<br>Doctoral Candidate<br>Eccles Institute of Human Genetics<br>
University of Utah<br>
15 North 2030 East, Room 2100<br>
Salt Lake City, UT 84112-5330<br>ph:585-3543<br><br></div></div>
</div>