<div dir="ltr">I am working on getting maker running on a system running ubuntu 14.04. I have installed maker and it runs great on a small but real data set. When I try it with openmpi with the exact same inputs, however, I get the below error almost instantly. <div><br></div><div><div>STATUS: Parsing control files...</div><div>STATUS: Processing and indexing input FASTA files...</div><div>[molybdenum:23241] *** Process received signal ***</div><div>[molybdenum:23241] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[molybdenum:23241] Signal code: Address not mapped (1)</div><div>[molybdenum:23241] Failing at address: 0x50c</div><div>[molybdenum:23241] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x36c30)[0x7f99bd0e8c30]</div><div>[molybdenum:23241] [ 1] /usr/lib/libperl.so.5.18(Perl_csighandler+0x22)[0x7f99bd5155a2]</div><div>[molybdenum:23241] [ 2] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x36c30)[0x7f99bd0e8c30]</div><div>[molybdenum:23241] [ 3] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__poll+0x2d)[0x7f99bd19fbad]</div><div>[molybdenum:23241] [ 4] /usr/local/openmpi/lib/libopen-pal.so.6(+0x72156)[0x7f99bcbcc156]</div><div>[molybdenum:23241] [ 5] /usr/local/openmpi/lib/libopen-pal.so.6(opal_libevent2021_event_base_loop+0x13b)[0x7f99bcbc34bb]</div><div>[molybdenum:23241] [ 6] /usr/local/openmpi/lib/libopen-rte.so.7(+0x3897e)[0x7f99bce6e97e]</div><div>[molybdenum:23241] [ 7] /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x8182)[0x7f99bc944182]</div><div>[molybdenum:23241] [ 8] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(clone+0x6d)[0x7f99bd1acefd]</div><div>[molybdenum:23241] *** End of error message ***</div><div>SIGTERM received</div><div>SIGTERM received</div><div>SIGTERM received</div><div>SIGTERM received</div><div>SIGTERM received</div><div>[molybdenum:23252] *** Process received signal ***</div><div>[molybdenum:23252] Signal: Segmentation fault (11)</div><div>[molybdenum:23252] Signal code: Address not mapped (1)</div><div>[molybdenum:23252] Failing at address: 0x50c</div><div>[molybdenum:23252] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x36c30)[0x7fb191b31c30]</div><div>[molybdenum:23252] [ 1] /usr/lib/libperl.so.5.18(Perl_csighandler+0x22)[0x7fb191f5e5a2]</div><div>[molybdenum:23252] [ 2] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x36c30)[0x7fb191b31c30]</div><div>[molybdenum:23252] [ 3] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__poll+0x2d)[0x7fb191be8bad]</div><div>[molybdenum:23252] [ 4] /usr/local/openmpi/lib/libopen-pal.so.6(+0x72156)[0x7fb191615156]</div><div>[molybdenum:23252] [ 5] /usr/local/openmpi/lib/libopen-pal.so.6(opal_libevent2021_event_base_loop+0x13b)[0x7fb19160c4bb]</div><div>[molybdenum:23252] [ 6] /usr/local/openmpi/lib/libopen-rte.so.7(+0x3897e)[0x7fb1918b797e]</div><div>[molybdenum:23252] [ 7] /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x8182)[0x7fb19138d182]</div><div>[molybdenum:23252] [ 8] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(clone+0x6d)[0x7fb191bf5efd]</div><div>[molybdenum:23252] *** End of error message ***</div><div>SIGTERM received</div><div>--------------------------------------------------------------------------</div><div>mpiexec noticed that process rank 2 with PID 23241 on node molybdenum exited on signal 11 (Segmentation fault).</div></div><div><br></div><div><br></div><div>I have tried reinstalling both maker and openmpi. I have tried two different versions of both maker and openmpi. I am curenlty working with maker 2.31.6 and openmpi 1.8.3 because I have had those work together on another system. I have triple checked that LD_PRELOAD is properly set. I have a feeling that I am pissing something small. I appreciate all the help.</div><div><br></div><div>Justin Peyton</div><div>The Ohio State University</div></div>