<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi Maker developers and users,<br><br></div>After quite a bit of time dealing with Maker, I can run it without problems (thank you Carson). However, I have doubts about the evaluation of the best model produced by Maker.<br><br></div>I found the AED_cdf_generator.pl script while searching in the mail list and it is great but, when you use it, what gff files are you comparing? I initially thought that the models to be compared where those from each <i>ab initio</i> program, e.g. SNAP vs Augustus, and inside them, the subsequent bootstrap training steps, but unless you run only one each time you run Maker, the XXX.all.gff file will contain data from both predictions. Should I run them individually?<br><br></div>Following the topic, Maker will generate different FASTA files for proteins and transcripts from each program (Maker and each <i>ab initio</i> predictor) as well as "non_overlapping" files. Which one(s) do you select to continue with the functional annotation? <br><br></div>Thank you in advance,<br><br></div>Xabier<br clear="all"><div><div><div><div><div><div><br>-- <br><div class="gmail_signature">Xabier Vázquez Campos<br><i>PhD Candidate</i><br>Water Research Centre<br>School of Civil and Environmental Engineering<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div>
</div></div></div></div></div></div></div>