<div dir="ltr">Hi Xabier,<div><br></div><div>The FASTA at the end of the GFF3 file is the genome. For functional annotation you want to use the XXXout.all.maker.proteins.fasta file. It contains the protein sequences for your MAKER gene models.</div><div><br></div><div>Good luck,</div><div>Mike</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 16, 2015 at 1:09 AM, Xabier Vázquez Campos <span dir="ltr"><<a href="mailto:xvazquezc@gmail.com" target="_blank">xvazquezc@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>Hi,<br><br></div>What file from the Maker output do you use for the functional annotation? The fasta part of the XXX.all.gff?<br></div><br>I'll probably be using BLAST and InterProScan. I tested B2go (basic version), good stuff but it is annoyingly slow.<br clear="all"><div><div><div><br></div><div>Thank you<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br>-- <br><div>Xabier Vázquez Campos<br><i>PhD Candidate</i><br>Water Research Centre<br>School of Civil and Environmental Engineering<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div>
</div></font></span></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Michael Campbell MS, RD.<br>Doctoral Candidate<br>Eccles Institute of Human Genetics<br>
University of Utah<br>
15 North 2030 East, Room 2100<br>
Salt Lake City, UT 84112-5330<br>ph:585-3543<br><br></div></div>
</div>