<div dir="ltr"><div><div><div>Thanks Mike,<br><br></div>I've blasted (blastx against nr) and many, if not most of the repeatmodeler library sequences match with transposases, pol proteins, gag proteins, retrotransposons,... all of them present in other fungi of the same order. Should I leave it to be masked? I still do run prediction on the unmasked genome too?<br>Also, in many cases, the match a couple of thousand bp on the extreme of a 9kbp sequence and in none of them InterProScan is capable of finding anything except potential TM domains or so, provided by SignalP.<br><br></div>What do you think? Should I leave it as it is?<br><br></div>Thank you again for your time<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-01-17 4:08 GMT+11:00 Michael Campbell <span dir="ltr"><<a href="mailto:michael.s.campbell1@gmail.com" target="_blank">michael.s.campbell1@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Xabier,<div><br></div><div>I haven't seen orders or families documented for repeatmasker with repbase. Fungi seems safe to me. </div><div><br></div><div>If you want to give yourself a little more peace of mind about the repeatmodeler library you can blast it to database of known fungal proteins and remove the entries int he library that have strong hits to a known protein to avoid over-masking.</div><div><br></div><div>Mike</div></div><div class="gmail_extra"><div><div class="h5"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 16, 2015 at 10:04 AM, Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Using both RepBase and a RepeatModeler produced library should be sufficient, especially for fungi.<div><br></div><div>—Carson</div><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div><div><div>On Jan 16, 2015, at 3:11 AM, Xabier Vázquez Campos <<a href="mailto:xvazquezc@gmail.com" target="_blank">xvazquezc@gmail.com</a>> wrote:</div><br></div></div><div><div><div><div dir="ltr"><div>Hi there,<br><br></div>First, a general question. Probably kind of silly but I prefer to be sure... When you browse RepBase, for example in fungi, all the repeats are marked as Eukaryota (Ancestral) or under the name of the species but no other taxa ranks are indicated. Does RepeatMasker recognise orders, families etc? or in my case should I stick with model_org=fungi? <div><br>I've been trying to create a repeat libraries specific for my genomes and I did't have any luck with the programs described in the <a href="http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/Repeat_Library_Construction--Basic" target="_blank">Basic</a> and <a href="http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/Repeat_Library_Construction--Advanced" target="_blank">advanced</a> tutorials (neither in my computer or in the cluster), reporting errors at all times, with exception of RepeatModeler, which ran with no problems. Is the output from RepeatModeler enough to improve the masking? It is not the best option I guess, but better than just the RepBase libraries by themselves, isn't it?<br><br></div><div>Thank you for your time,<br><br></div><div>Xabier<br clear="all"></div><div><div><div><br>-- <br><div>Xabier Vázquez Campos<br><i>PhD Candidate</i><br>Water Research Centre<br>School of Civil and Environmental Engineering<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div>
</div></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>maker-devel mailing list<br><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br><a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br></div></blockquote></div><br></div></div><br>_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">-- <br><div><div dir="ltr">Michael Campbell MS, RD.<br>Doctoral Candidate<br>Eccles Institute of Human Genetics<br>
University of Utah<br>
15 North 2030 East, Room 2100<br>
Salt Lake City, UT 84112-5330<br>ph:585-3543<br><br></div></div>
</font></span></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature">Xabier Vázquez Campos<br><i>PhD Candidate</i><br>Water Research Centre<br>School of Civil and Environmental Engineering<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div>
</div>