<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">Hello,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">I have a genome that has been well-annotated for species-specific repeats (using RepeatModeler, trf, and RepeatMasker), and was wondering if I could simply use the soft-masked assembly for maker annotation, in order to skip the sometimes cumbersome repeatmasking step. Is this generally looked upon as doable, or should I just stick with using the unmasked assembly and the repeatmasking as bundled with my maker installation?<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">P.S. - as a spoiler, I already tried this (for snap training), but could not confirm that the masked assembly (i.e., lowercase letters) was maintained in the scaffolds as viewed in the maker output directory.<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">Thanks,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">Marc<br clear="all"></div><br></div>