<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">Hello,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">I
 have a genome that has been well-annotated for species-specific repeats
 (using RepeatModeler, trf, and RepeatMasker), and was wondering if I 
could simply use the soft-masked assembly for maker annotation, in order
 to skip the sometimes cumbersome repeatmasking step. Is this generally 
looked upon as doable, or should I just stick with using the unmasked 
assembly and the repeatmasking as bundled with my maker installation?<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">P.S.
 - as a spoiler, I already tried this (for snap training), but could not
 confirm that the masked assembly (i.e., lowercase letters) was 
maintained in the scaffolds as viewed in the maker output directory.<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">Thanks,<br></div>Marc</div><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="courier new, monospace" color="#666666"><b style="background-color:rgb(255,255,255)">Marc Tollis, Ph.D.</b></font><div><font face="courier new, monospace" color="#666666"><b style="background-color:rgb(255,255,255)">Post-Doctoral Research Associate</b></font></div><div><font face="courier new, monospace" color="#666666"><b style="background-color:rgb(255,255,255)">Arizona State University</b></font></div><div><font face="courier new, monospace" color="#666666"><b style="background-color:rgb(255,255,255)">LSE 313</b></font></div><div><font face="courier new, monospace"><b style="background-color:rgb(255,255,255)"><font color="#666666">(480) 965-7456</font></b><br></font></div><div><a href="mailto:marc.tollis@asu.edu" target="_blank"><font face="courier new, monospace">marc.tollis@asu.edu</font></a></div><div><font face="courier new, monospace"><b><br></b></font></div><div><font face="courier new, monospace"><b><font color="#666666">website:</font> </b><a href="https://sites.google.com/site/tollisresearch/" target="_blank">https://sites.google.com/site/tollisresearch/</a></font></div><div><font face="courier new, monospace"><b><font color="#666666">blog: </font></b><a href="http://anolistollis.wordpress.com" target="_blank">anolistollis.wordpress.com</a></font></div></div></div></div></div>
</div>