<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">I answered my own question:<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">No need to re-align proteins again - takes too long.<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">So, I used the gff file from the gff_merge on the log file from the first run (the one with just protein2genome). Then, after generating the .hmm file, I put it in my control file, along with protein2genome=0, removed the protein.fasta, set maker_gff and protein_pass=1. The output now shows that only snap is running, and no blastx and exonerate - a relief because it is much faster!<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Mar 15, 2015 at 7:19 AM, Marc Tollis <span dir="ltr"><<a href="mailto:mtollis@asu.edu" target="_blank">mtollis@asu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">This is a question about process, and to make sure I am doing things right (when time is of the essence, some mistakes can set you back weeks).</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">I have run maker on my de novo vertebrate genome, using only the predictive proteome from a congener (well-studied and available on Ensembl), and generated the HMM for the first round of SNAP training. As per the 2014 tutorial, I edited the control file for this step as follows: I added the path to the .hmm file, and set protein2genome to 0. </div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">When I run maker, I notice that in addition to snap, it is still running blastx and exonerate however. I noticed that this is because I did not remove (or "comment out") the path to the protein.fa in the control file (the output looks markedly different when I do comment out the protein file - and I can't even tell if it's running snap in this instance). </div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)">Is it simply using exonerate to place the ab initio predictions on the scaffolds (meaning that having protein2genome=1 is to tell maker to make evidence annotations) ? Did I do this correctly, or should I also remove the protein.fa out of the control file for SNAP training? </div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial,helvetica,sans-serif">​</span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="courier new, monospace" color="#666666"><b style="background-color:rgb(255,255,255)">Marc Tollis, Ph.D.</b></font><div><font face="courier new, monospace" color="#666666"><b style="background-color:rgb(255,255,255)">Post-Doctoral Research Associate</b></font></div><div><font face="courier new, monospace" color="#666666"><b style="background-color:rgb(255,255,255)">Arizona State University</b></font></div><div><font face="courier new, monospace" color="#666666"><b style="background-color:rgb(255,255,255)">LSE 313</b></font></div><div><font face="courier new, monospace"><b style="background-color:rgb(255,255,255)"><font color="#666666"><a href="tel:%28480%29%20965-7456" value="+14809657456" target="_blank">(480) 965-7456</a></font></b><br></font></div><div><a href="mailto:marc.tollis@asu.edu" target="_blank"><font face="courier new, monospace">marc.tollis@asu.edu</font></a></div><div><font face="courier new, monospace"><b><br></b></font></div><div><font face="courier new, monospace"><b><font color="#666666">website:</font> </b><a href="https://sites.google.com/site/tollisresearch/" target="_blank">https://sites.google.com/site/tollisresearch/</a></font></div><div><font face="courier new, monospace"><b><font color="#666666">blog: </font></b><a href="http://anolistollis.wordpress.com" target="_blank">anolistollis.wordpress.com</a></font></div></div></div></div></div>
</font></span></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="courier new, monospace" color="#666666"><b style="background-color:rgb(255,255,255)">Marc Tollis, Ph.D.</b></font><div><font face="courier new, monospace" color="#666666"><b style="background-color:rgb(255,255,255)">Post-Doctoral Research Associate</b></font></div><div><font face="courier new, monospace" color="#666666"><b style="background-color:rgb(255,255,255)">Arizona State University</b></font></div><div><font face="courier new, monospace" color="#666666"><b style="background-color:rgb(255,255,255)">LSE 313</b></font></div><div><font face="courier new, monospace"><b style="background-color:rgb(255,255,255)"><font color="#666666">(480) 965-7456</font></b><br></font></div><div><a href="mailto:marc.tollis@asu.edu" target="_blank"><font face="courier new, monospace">marc.tollis@asu.edu</font></a></div><div><font face="courier new, monospace"><b><br></b></font></div><div><font face="courier new, monospace"><b><font color="#666666">website:</font> </b><a href="https://sites.google.com/site/tollisresearch/" target="_blank">https://sites.google.com/site/tollisresearch/</a></font></div><div><font face="courier new, monospace"><b><font color="#666666">blog: </font></b><a href="http://anolistollis.wordpress.com" target="_blank">anolistollis.wordpress.com</a></font></div></div></div></div></div>
</div>