<div dir="ltr"><span style="font-size:13px">Dear All,</span><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">I have a draft genome for organism of my interest and I have around 150G of 100bp paired-end RNA-Seq data from different conditions. This organism has ensemble annotations but very few.</div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">My goal is to look at differential splicing analysis between two conditions. For this I need good annotations in gtf format at isoform level.I am interested in using the <a href="http://cbcb.umd.edu/software/spanki/" target="_blank">Splicing Analysis Kit</a></div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">For now, I have aligned one sample to genome using tophat2 and then used cufflinks to generate a de-novo GTF file. In either cases I have not used the avail be GTF with very few annotations.</div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">The GTF file generated by cufflinks should be annotated to know the function of each transcript. So I am interested in adding annotations to the gtf file generated from cufflinks. What is the best of doing it ?</div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">Or is there any better way of getting a gtf file, like that of ensemble, from my data ?</div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">I have looked at trinotate, but its more about functional annotation and expression studies.</div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">Regards,</div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Goutham Atla<br></div><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;background-color:rgb(255,255,204)"></span></div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;background-color:rgb(255,255,204)"></span></div></div>
</div>