<div dir="ltr">Hi Sangramjit,<div><br></div><div>I'm cc'ing the MAKER mailing list, where they should be able to help you out.</div><div><br></div><div>Scott</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 7, 2015 at 3:57 AM, sangramjit basu <span dir="ltr"><<a href="mailto:officialsjb@gmail.com" target="_blank">officialsjb@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><b>Hello Sir/Madam,<br><br></b></div><b>I am Bioinformatician trainee on NGS platform. I have been trying to use Maker to annotate rice genome (Oryza sativa indica), but have been facing a error that i cannot understand:<br></b><br>setting up GFF3 output and fasta chunks<br>doing repeat masking<br>ERROR: Not a SCALAR reference<br> at /opt/maker/bin/../lib/Fasta.pm line 382.<br>    Fasta::_formatSeq(FastaSeq=HASH(0x4219e18), 60) called at /opt/maker/bin/../lib/Fasta.pm line 369<br>    Fasta::toFastaRef(">1 CHUNK number:0 size:100000 offset:0", REF(0x4207be0)) called at /opt/maker/bin/../lib/FastaChunk.pm line 217<br>    FastaChunk::fasta_ref(FastaChunk=HASH(0x417e968)) called at /opt/maker/bin/../lib/FastaChunk.pm line 168<br>    FastaChunk::write_file(FastaChunk=HASH(0x417e968), "/opt/maker/Oryza_indica.ASM465v1.25.dna.chromosome.1.maker.ou"...) called at /opt/maker/bin/../lib/GI.pm line 3138<br>    GI::repeatmask(FastaChunk=HASH(0x417e968), "/opt/maker/Oryza_indica.ASM465v1.25.dna.chromosome.1.maker.ou"..., 1, "simple", "/opt/RepeatMasker/RepeatMasker", "", 1, runlog=HASH(0x4207cb8)) called at /opt/maker/bin/../lib/Process/MpiChunk.pm line 769<br>    Process::MpiChunk::__ANON__() called at /opt/maker/bin/../lib/Error.pm line 415<br>    eval {...} called at /opt/maker/bin/../lib/Error.pm line 407<br>    Error::subs::try(CODE(0x417fce0), HASH(0x4195a48)) called at /opt/maker/bin/../lib/Process/MpiChunk.pm line 4224<br>    Process::MpiChunk::_go(Process::MpiChunk=HASH(0x417fc80), "run", HASH(0x4208f70), 0, 1) called at /opt/maker/bin/../lib/Process/MpiChunk.pm line 341<br>    Process::MpiChunk::run(Process::MpiChunk=HASH(0x417fc80), 0) called at /opt/maker/bin/../lib/Process/MpiChunk.pm line 357<br>    Process::MpiChunk::run_all(Process::MpiChunk=HASH(0x417fc80), 0) called at /opt/maker/bin/../lib/Process/MpiTiers.pm line 287<br>    Process::MpiTiers::run_all(Process::MpiTiers=HASH(0x417fc20), 0) called at /opt/maker/bin/../lib/Process/MpiTiers.pm line 287<br>    Process::MpiTiers::run_all(Process::MpiTiers=HASH(0x4102ba8), 0) called at /opt/maker/bin/maker line 686<br>--> rank=NA, hostname=nucleome01-Lenovo-H520S<br>ERROR: Failed while doing repeat masking<br>ERROR: Chunk failed at level:0, tier_type:1<br>FAILED CONTIG:1<br><br>ERROR: Chunk failed at level:2, tier_type:0<br>FAILED CONTIG:1<br><br></div><b>P.S. : I have low hard disk space, is it because of that ??</b><br></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">------------------------------------------------------------------------<br>Scott Cain, Ph. D.                                   scott at scottcain dot net<br>GMOD Coordinator (<a href="http://gmod.org/">http://gmod.org/</a>)                     216-392-3087<br>Ontario Institute for Cancer Research</div>
</div>