<div dir="ltr">Thanks Carson, file was just uploaded in my account bradley.colquitt. I should note that the GFF3 file was created by converting from GTF using gffread. <br></div><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 23, 2015 at 9:02 AM Carson Holt <<a href="mailto:carsonhh@gmail.com">carsonhh@gmail.com</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Brad,<div><br></div><div>The issue is probably either a formatting issue with this the new_data.gff3 file, or an extreme amount of data in that file overlapping the contig. If you think it might be a formatting issue I could take a look. You can upload the GFF3 and other run files here —> <a href="http://weatherby.genetics.utah.edu/cgi-bin/mwas/bug.cgi" target="_blank">http://weatherby.genetics.utah.edu/cgi-bin/mwas/bug.cgi</a></div><div><br></div><div>—Carson</div><div><br></div><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"></blockquote></div></div></div><div style="word-wrap:break-word"><div><div><blockquote type="cite"><div>On Apr 19, 2015, at 7:12 PM, Bradley Colquitt <<a href="mailto:bradley.colquitt@gmail.com" target="_blank">bradley.colquitt@gmail.com</a>> wrote:</div><br></blockquote></div></div></div><div style="word-wrap:break-word"><div><div><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr">Hello MAKER team,<div><br></div><div>I've run into an issue while updating a previous run using new data. The programs hangs (48 hours running) and consumes at lot of RAM (20GB) while processing a particular scaffold (a relatively small one, 200kb, with 24 transcript models). While running using MPI, a similar hang occurs on a few other scaffolds of around the same length (scaffolds 590-620) </div><div><br></div><div>MAKER version: 2.31.8</div><div>est_gff generated using HISAT/StringTie</div><div><br></div><div>Maker_opts.ctl file: </div><div><div>#-----Genome (these are always required)</div><div>genome=genome.fa </div><div>organism_type=eukaryotic </div><div><br></div><div>#-----Re-annotation Using MAKER Derived GFF3</div><div>maker_gff=</div><div>est_pass=0 </div><div>altest_pass=1</div><div>protein_pass=1 </div><div>rm_pass=1 </div><div>model_pass=1 </div><div>pred_pass=1 </div><div>other_pass=0 </div><div><br></div><div>#-----EST Evidence (for best results provide a file for at least one)</div><div>est= </div><div>altest= organism</div><div>est_gff=new_data.gff3</div><div>altest_gff= </div><div><br></div><div>#-----Protein Homology Evidence (for best results provide a file for at least one)</div><div>protein=  </div><div>protein_gff= </div><div>#-----Repeat Masking (leave values blank to skip repeat masking)</div><div>model_org= </div><div>rmlib= </div><div>repeat_protein= </div><div>rm_gff= </div><div>prok_rm=0 </div><div>softmask=1 </div><div><br></div><div>#-----Gene Prediction</div><div>snaphmm= </div><div>gmhmm=</div><div>augustus_species= </div><div>fgenesh_par_file= </div><div>pred_gff=previous_maker.gff</div><div>model_gff= </div><div>est2genome=0 </div><div>protein2genome=0 </div><div>trna=0</div><div>snoscan_rrna= </div><div>unmask=0 </div><div><br></div><div>#-----Other Annotation Feature Types (features MAKER doesn't recognize)</div><div>other_gff=</div><div><br></div><div>#-----External Application Behavior Options</div><div>alt_peptide=C </div><div>cpus=1 </div><div><br></div><div>#-----MAKER Behavior Options</div><div>max_dna_len=1000000</div><div>min_contig=1000 </div><div><br></div><div>pred_flank=200 </div><div>pred_stats=1 </div><div>AED_threshold=1 </div><div>min_protein=0 </div><div>alt_splice=0 </div><div>always_complete=0</div><div>map_forward=1 </div><div>keep_preds=1 </div><div><br></div><div>split_hit=10000</div><div>single_exon=1</div><div>single_length=250</div><div>correct_est_fusion=0 </div><div><br></div><div>tries=2</div><div>clean_try=0 </div><div>clean_up=0</div><div>TMP=/media/data/maker/tmp </div></div><div><br></div><div>Any help would be greatly appreciated. Thanks.</div><div>Brad Colquitt</div></div></div></blockquote></div></div></div><div style="word-wrap:break-word"><div><div><blockquote type="cite"><div>
_______________________________________________<br>maker-devel mailing list<br><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br><a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div>