<div dir="ltr">Hi Jason -<div><br></div><div>Not sure it makes that much difference if you use MAKER's best scored by AED as best set of predictions for re-training Augustus or running PASA and grabbing those with long enough ORFs.  I've never tried head to head to see how much it matters.  </div><div><br></div><div>The specifics of running PASA on Maker to improve is basically to avoid some gene splits and where you like it, add UTRs with a bit more precision. Both tools have their optimization for finding ORFs within the exon calls and so it is useful to see how they behave, but the extra effort in setting up PASA may or may not be worth it. </div><div>But in terms of details -- as I recall the main hurdle was getting the MAKER GFF3 in a format that PASA liked as GFF it imported (you load it as a previous annotation but basically you want to follow the directions for</div><div>"Loading your preexisting protein-coding gene annotations" from <a href="https://pasapipeline.github.io/">https://pasapipeline.github.io/</a></div><div>I may have had to write a processing script as I can see here - renaming the UTR features</div><div> <a href="https://github.com/hyphaltip/genome-scripts/blob/master/gene_prediction/fixmakergff_for_PASAannot.pl">https://github.com/hyphaltip/genome-scripts/blob/master/gene_prediction/fixmakergff_for_PASAannot.pl</a></div><div><br></div><div>Then you run the annotation compare part of the PASA pipeline to check and see how the annotations get updated.  <br><div><br>Seems like BRAKER and other strategies may be more informative anyways for running Augustus. My interpretation of what Carson and MAKER team have shown that having extra supporting evidence for exoans (protein, RNAseq/ESTs,conservation) improves and trumps over training the gene predictors?  I'd love to see hard data on this for a couple of tests in the future. Maybe we can try it ourselves in the future too.</div><div><br></div><div>Jason<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 22, 2015 at 2:04 PM Jason Gallant <<a href="mailto:jgallant@msu.edu">jgallant@msu.edu</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><u></u>
<div>
<span><div>Hi Carson and Jason,</div>
<div><br></div>
<div>I’ve heard you guys say several times on this list serve that Trinity is the preferable option for ESTs (vs. Cufflinks). Does this mean the genome-guided or the strict denovo approach?</div>
<div><br></div>
<div>Second, Jason has mentioned using PASA for generating a “best set of annotations” for use in Augustus training.  I have seen his post (and repost) of this, however there aren’t many details on how to use PASA to accomplish this.  Any chance that you could post a more detailed walkthrough on how to approach this?</div>
<div><br></div>
<div>Best,</div>
<div>Jason Gallant</div></span><div>
<br>—<br>Dr. Jason R. Gallant<div>Assistant Professor</div>
<div>Room 38 Natural Sciences<br><div>Department of Zoology</div>
<div>Michigan State University</div>
<div>East Lansing, MI 48824</div>
<div><a href="mailto:jgallant@msu.edu" target="_blank">jgallant@msu.edu</a></div>
</div>
<div>office: 517-884-7756</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</blockquote></div></div></div></div>