<div dir="ltr"><br><div class="gmail_quote"><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div><div><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div><div><div>Hi,<br></div>I am trying to annotate with Maker a set of 7k scaffolds with a genome size of 160Mb. The first run returned 10% of scaffolds FAILED and the remaining FINISHED but I didn't get the protein or transcripts fasta files so I modified the configuration files accordingly and I am rerunning the analysis. So far, all the scaffolds are failing, in the error.log the only error I see is of this type for all scaffolds: <br><br><span style="font-family:monospace,monospace">error in file format, /tmp/I16VH9JkXG/Q3Pi3DDTOZ_mod<br>ERROR: GeneMark Failed<br>ERROR: Genemark failed<br>--> rank=NA, hostname=sol<br>ERROR: Failed while preparing ab-inits<br>ERROR: Chunk failed at level:0, tier_type:2<br>FAILED CONTIG:scaffold_6<br><br>ERROR: Chunk failed at level:4, tier_type:0<br>FAILED CONTIG:scaffold_6</span><br><br><span style="font-family:monospace,monospace">examining contents of the fasta file and run log</span><br><br></div>which doesn't tell me much. I attached the config files. Can someone see what is wrong?<br><br></div>Thanks<br></div>
</div><br></div>
</div></div></div><br></div>
</div></div></div><br></div>