<div dir="ltr"><div><br></div>It looks like you are giving the training file from SNAP to genemark, and that would cause a failure. Try running it with just SNAP and augustus and see if that fixes the problem.<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Mike</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 5, 2015 at 1:41 AM, Sunny Sun <span dir="ltr"><<a href="mailto:solschech@gmail.com" target="_blank">solschech@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><br><div class="gmail_quote"><div><div><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div><div><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div><div><div>Hi,<br></div>I am trying to annotate with Maker a set of 7k scaffolds with a genome size of 160Mb. The first run returned 10% of scaffolds FAILED and the remaining FINISHED but I didn't get the protein or transcripts fasta files so I modified the configuration files accordingly and I am rerunning the analysis. So far, all the scaffolds are failing, in the error.log the only error I see is of this type for all scaffolds: <br><br><span style="font-family:monospace,monospace">error in file format, /tmp/I16VH9JkXG/Q3Pi3DDTOZ_mod<br>ERROR: GeneMark Failed<br>ERROR: Genemark failed<br>--> rank=NA, hostname=sol<br>ERROR: Failed while preparing ab-inits<br>ERROR: Chunk failed at level:0, tier_type:2<br>FAILED CONTIG:scaffold_6<br><br>ERROR: Chunk failed at level:4, tier_type:0<br>FAILED CONTIG:scaffold_6</span><br><br><span style="font-family:monospace,monospace">examining contents of the fasta file and run log</span><br><br></div>which doesn't tell me much. I attached the config files. Can someone see what is wrong?<br><br></div>Thanks<br></div>
</div><br></div>
</div></div></div><br></div>
</div></div></div><br></div>
<br>_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Michael Campbell MS, RD.<br>Doctoral Candidate<br>Eccles Institute of Human Genetics<br>
University of Utah<br>
15 North 2030 East, Room 2100<br>
Salt Lake City, UT 84112-5330<br>ph:585-3543<br><br></div></div>
</div>