
<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>

</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 13px;">

<div style=""> </div>

I am trying to use Augustus in MAKER to help with annotating as many genes as possible from genomic reads of a primate sample.  I am new to using gene prediction tools such as SNAP and Augustus, but was told Augustus would be better for primates.  I tried using

 reference mRNAs and protein sequences from NCBI on the sample contig file included with the MAKER software and it ran ok.  My question is how do I now use the output to train Augustus iteratively and thus create a file set of annotations from my original input? 

<br>

<br>

After creating the control files with maker -CTL, the only configurations I made to maker_opts.ctl were:<br>

genome=data/hsap_contig.fasta    # contig file from example data<br>

est=data/mRNAs.fa    # RNAs filtered to just mRNAs<br>

protein=data/protein.fa<br>

est2genome=1<br>

protein2genome=1<br>

<br>

I will eventually replace the contig file with our scaffolds file from the assembly.  I know the output created a gff file along with protein and mRNA files.  Do I then need to change the maker_opts file to account for the new files and if so how and what should

 the maker__opts file look like now?  Was Augustus supposed to be set up on the initial maker run or do I wait until the second run after est2genome and protein2genome were used to initialize training for Augustus and how do the configurations change between

 multiple iterations because I have a solid annotation set?   <br>

<br>

Sorry for all the questions, newbie here with a lot of data to work with.  <br>

<br>

Thanks<br>

</div>

</body>

</html>