<div dir="ltr"><div><div>Hello,<br><br></div>I was trying to run maker (version 2.31.8) for a yeast genome (a sacharymyceise species). However, I got the following error message:<br><span style="color:rgb(0,0,255)">...<br>collecting blastx repeatmasking<br>processing all repeats<br>in cluster::shadow_cluster...<br>...finished clustering.<br>preparing masked sequence<br>preparing ab-inits<br>running  augustus.<br>#--------- command -------------#<br>Widget::augustus:<br>/home/yjx/Programs/augustus-3.1/bin/augustus --species=saccharomyces --UTR=off /tmp/maker_Vsb8Io/chrI_pilon.abinit_masked.0 > /tmp/maker_Vsb8Io/chrI_pilon.abinit_masked.0.saccharomyces.augustus<br>#-------------------------------#<br>running  trnascan.<br>#--------- command -------------#<br>Widget::trnascan:<br>/home/yjx/local/bin/tRNAscan-SE -b -q /tmp/maker_Vsb8Io/chrI_pilon.abinit_nomask.0 > /tmp/maker_Vsb8Io/chrI_pilon.abinit_nomask.0.eukaryotic.trnascan<br>#-------------------------------#<br>running  snoscan.<br>#--------- command -------------#<br>Widget::snoscan:<br>/home/yjx/local/bin/snoscan /home/yjx/Programs/snoscan/Sc-all-snos.fa /tmp/maker_Vsb8Io/chrI_pilon.abinit_nomask.0 > /tmp/maker_Vsb8Io/chrI_pilon.abinit_nomask.0.Sc-all-snos%2Efa.snoscan<br>#-------------------------------#<br>gathering ab-init output files<br><br>------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------<br>MSG: Did not specify a Query End or Query Begin<br>STACK: Error::throw<br>STACK: Bio::Root::Root::throw /home/yjx/local/ActivePerl-5.16/site/lib/Bio/Root/Root.pm:449<br>STACK: Bio::Search::HSP::GenericHSP::_query_seq_feature /home/yjx/local/ActivePerl-5.16/site/lib/Bio/Search/HSP/GenericHSP.pm:1525<br>STACK: Bio::Search::HSP::GenericHSP::query /home/yjx/local/ActivePerl-5.16/site/lib/Bio/Search/HSP/GenericHSP.pm:956<br>STACK: Bio::Search::HSP::HSPI::start /home/yjx/local/ActivePerl-5.16/site/lib/Bio/Search/HSP/HSPI.pm:503<br>STACK: PhatHit_utils::add_offset /home/yjx/Programs/maker/bin/../lib/PhatHit_utils.pm:1462<br>STACK: GI::parse_abinit_file /home/yjx/Programs/maker/bin/../lib/GI.pm:1199<br>STACK: Process::MpiChunk::_go /home/yjx/Programs/maker/bin/../lib/Process/MpiChunk.pm:1469<br>STACK: Process::MpiChunk::run /home/yjx/Programs/maker/bin/../lib/Process/MpiChunk.pm:341<br>STACK: Process::MpiChunk::run_all /home/yjx/Programs/maker/bin/../lib/Process/MpiChunk.pm:357<br>STACK: Process::MpiTiers::run_all /home/yjx/Programs/maker/bin/../lib/Process/MpiTiers.pm:287<br>STACK: Process::MpiTiers::run_all /home/yjx/Programs/maker/bin/../lib/Process/MpiTiers.pm:287<br>STACK: /home/yjx/Programs/maker/bin/maker:686<br>-----------------------------------------------------------<br>--> rank=NA, hostname=<a href="http://octopus.itc.unipi.it">octopus.itc.unipi.it</a><br>ERROR: Failed while gathering ab-init output files<br>ERROR: Chunk failed at level:1, tier_type:2<br>FAILED CONTIG:chrI_pilon<br><br>ERROR: Chunk failed at level:4, tier_type:0<br>FAILED CONTIG:chrI_pilon<br><br>examining contents of the fasta file and run log</span><br><br><br>For this run, I modified the maker_opts.ctl file to specify the genome sequences, customed EST sequences and customed proteome sequences (all in fasta format) for the annotation. My setting for gene prediction is as follows:<br><br>#-----Gene Prediction<br>snaphmm= #SNAP HMM file<br>gmhmm= #GeneMark HMM file<br>augustus_species=saccharomyces #Augustus gene prediction species model<br>fgenesh_par_file= #FGENESH parameter file<br>pred_gff= #ab-initio predictions from an external GFF3 file<br>model_gff= #annotated gene models from an external GFF3 file (annotation pass-through)<br>est2genome=0 #infer gene predictions directly from ESTs, 1 = yes, 0 = no<br>protein2genome=0 #infer predictions from protein homology, 1 = yes, 0 = no<br>trna=1 #find tRNAs with tRNAscan, 1 = yes, 0 = no<br>snoscan_rrna=/home/yjx/Programs/snoscan/Sc-all-snos.fa #rRNA file to have Snoscan find snoRNAs<br>unmask=0 #also run ab-initio prediction programs on unmasked sequence, 1 = yes, 0 = no<br><br></div><div>  <br></div><div>BTW: I've also test maker with the sample data provided with the maker package (dpp_contig.fasta, dpp_est.fasta and dpp_protein.fasta) and it ran fine. <br><br></div><div>Could you help me to figure out what is the cause of this problem? Thanks in advance!<br></div><div><br></div><div>Best,<br></div><div>Jia-Xing<br clear="all"></div><div><div><div><br><br></div></div></div></div>