<div dir="ltr">Hello Yandell maker gurus,<div><br></div><div>Installed Maker 2.31 with MPICH2 .</div><div>No errors with Build.PL and Build install </div><div><div>==============================================================================</div><div>STATUS MAKER v2.31.8</div><div>==============================================================================</div><div>PERL Dependencies:<span class="" style="white-space:pre">     </span>VERIFIED</div><div>External Programs:<span class="" style="white-space:pre"> </span>VERIFIED</div><div>External C Libraries:<span class="" style="white-space:pre">      </span>VERIFIED</div><div>MPI SUPPORT:<span class="" style="white-space:pre">               </span>ENABLED</div><div>MWAS Web Interface:<span class="" style="white-space:pre"> </span>DISABLED</div><div>MAKER PACKAGE:<span class="" style="white-space:pre">             </span>CONFIGURATION OK</div></div><div><br></div><div>but with the following command, maker fails:</div><div><br></div><div>dcopetti@bam:/opt/bam_processing/Dario/MAKER_mpi[4:21pm]> mpiexec -n 20 /opt/maker/bin/maker maker_opts_wg_bam_mpi.ctl maker_bopts_wg_bam_mpi.ctl maker_exe_wg_bam_mpi.ctl<br></div><div><br></div><div><div> at /opt/maker/bin/../perl/lib/Parallel/Application/MPI.pm line 236.</div><div>--> rank=NA, hostname=<a href="http://bam.genome.arizona.edu">bam.genome.arizona.edu</a></div><div>    ...propagated at /usr/local/share/perl5/Inline/C.pm line 772.</div><div>--> rank=NA, hostname=<a href="http://bam.genome.arizona.edu">bam.genome.arizona.edu</a></div><div> at /opt/maker/bin/../perl/lib/Parallel/Application/MPI.pm line 256.</div><div>    Parallel::Application::MPI::_bind("/usr/lib64/openmpi/bin/mpicc", "/usr/include", "/opt/maker/bin/../perl", "") called at /opt/maker/bin/../perl/lib/Parallel/Application/MPI.pm line 213</div><div>    Parallel::Application::MPI::_load() called at /opt/maker/bin/../perl/lib/Parallel/Application/MPI.pm line 74</div><div>    Parallel::Application::MPI::MPI_Init() called at /opt/maker/bin/maker line 279</div><div><br></div><div>{line 279     stat = MPI_Init(&PL_origargc, &PL_origargv);}</div><div><br></div><div>make: *** No targets specified and no makefile found.  Stop.</div></div><div><br></div><div><div>A problem was encountered while attempting to compile and install your Inline<br></div><div>C code. The command that failed was:</div><div>  make > out.make 2>&1</div></div><div><br></div><div><div>[root@bam ~]# more /opt/maker/perl/build/Parallel/Application/MPI/out.make_install</div><div>Makefile:123: warning: NUL character seen; rest of line ignored</div><div>Makefile:123: *** missing separator.  Stop.</div><div><br></div><div>also from out.make in the same directory:</div><div>make: *** [MPI.c] mv: cannot stat `MPI.xsc': No such file or directory</div><div>make: *** [MPI.c] Error 1</div><div> or directory</div><div>make: *** [MPI.c] Error 1</div></div><div><br></div><div>What values are not getting passed to MPI.pm?</div><div><br></div><div>Many thanks for any help!</div></div>