<div dir="ltr">Hi Malcom,<div><br></div><div>What you do depends on if you just want to just add three and five prime UTR to gene models that you are otherwise happy with or if you wan't to use the RNA-seq data to find new genes and alternatively spliced transcripts. If you just want to add the UTR you can pass MAKER the current models as pred_gff= and the RNA-seq data as est_gff=. for this you don't gain much with repeatmasking. </div><div><br></div><div>If on the other hand you want to get more than UTR on current models I would edit the control file and rerun MAKER in the same directory you ran before. MAKER will check to see what has already been done and only rerun what is necessary. For this you do need to repeat mask.</div><div><br></div><div>If you want to find alternatively spliced transcripts set alt_splice=1. As a side note, MAKER is quite conservative in annotating alternatively spliced transcripts. There must be EST/RNA-seq evidence supporting the alternative splice to be considered. </div><div><br></div><div>Mike</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 23, 2015 at 12:46 AM, Cook, Malcolm <span dir="ltr"><<a href="mailto:MEC@stowers.org" target="_blank">MEC@stowers.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I am re-running an analysis after having adding `est_gff=/path/to/cuffmerge.gff3` and want to ensure the least amount of work is re-done.<br>
<br>
When I re-run maker, should I provide any additional options.  In particular, either "--again" ?<br>
<br>
On this subject, I read in <a href="http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/Updating_annotations_in_light_of_new_data" rel="noreferrer" target="_blank">http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/Updating_annotations_in_light_of_new_data</a><br>
<br>
"if you are using est_gff= you don't even have to repeat mask."  - does this mean I should always run maker with option -RM_off when updating annotation?<br>
<br>
On a related note, if I have est2genome turned on, what changes to configuration should cause exonerate to run?  I'm guessing:<br>
  adding new est= files<br>
  turning on alt_splice=1<br>
<br>
Thanks!<br>
<br>
~ <a href="mailto:malcolm_cook@stowers.org">malcolm_cook@stowers.org</a><br>
_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Michael Campbell MS, RD.<br>Doctoral Candidate<br>Eccles Institute of Human Genetics<br>
University of Utah<br>
15 North 2030 East, Room 2100<br>
Salt Lake City, UT 84112-5330<br>ph:585-3543<br><br></div></div>
</div>