<div dir="ltr"><div>Hi all,<br><br></div>I am unable to generate the GFF file from the maker output. I originally ran maker with several processors (using mpi) as follows:<br><br><span style="font-family:monospace,monospace">/usr/lib64/mpich/bin/mpiexec -machinefile $PBS_NODEFILE -n 160 maker -base maker_R1 -fix_nucleotides<br></span><br clear="all"><div><div>Once completed, I tried to create GFF file with the gff3_merge script:<br><span style="font-family:monospace,monospace"><br>$ gff3_merge  -d maker_R1.maker.output/maker_R1_master_datastore_index.log<br>ERROR: The file 'maker_R1.maker.output/./FINISHED/FINISHED.gff' does not exist</span><br><br></div><div>I searched online to find <a href="http://gmod.827538.n3.nabble.com/FINISHED-FINISHED-gff-td4032857.html">this thread </a>which asked to build the index again if you ran mpi enalbled maker. so I ran it as,<br><br><span style="font-family:monospace,monospace">$ maker -base maker_R1 -dsindex<br>STATUS: Parsing control files...<br>STATUS: Processing and indexing input FASTA files...<br>STATUS: Setting up database for any GFF3 input...<br>A data structure will be created for you at:<br>/data003/TIL/maker_R1.maker.output/maker_R1_datastore<br><br>To access files for individual sequences use the datastore index:<br>/data003/TIL/maker_R1.maker.output/maker_R1_master_datastore_index.log</span><br></div><div><br></div><div>When I tried again to run the gff3_merge:<br><span style="font-family:monospace,monospace"><br>$ gff3_merge  -d maker_R1.maker.output/maker_R1_master_datastore_index.log<br>ERROR: The file 'maker_R1.maker.output/./FINISHED/FINISHED.gff' does not exist</span><br></div><div><br></div><div>I still get the same error. Please tell me what am I doing wrong. My worst fear is that If I have to re-run it again, I will take another week or so. Both my genomes have the same issue.<br><br></div><div>Any help will greatly be appreciated.<br><br></div><div>Thanks,<br><br></div><div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Arun Seetharam<br><br></div></div>
</div></div></div>