<div dir="ltr"><div><div><div>An additional question related to the previous.<br><br></div>I searched my species-specific repeat library with InterProScan and can't find a single sequence with similarity to a transposable element...<br><br>I would expect it to find at least a few transposases. Is there an explanation for this, or has something gone wrong?<br><br></div>Thanks,<br></div>P<br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 10, 2015 at 11:50 AM, Panos Ioannidis <span dir="ltr"><<a href="mailto:panos.ioannidis@gmail.com" target="_blank">panos.ioannidis@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Hi guys,<br><br>I have finished running Maker on my genome, but get >800 genes (out of ~20,000) that have similarity to transposases. Except from RepBase, have also built a species-specific repeat library, so it's weird that I still have quite a few transposases in my gene set...<br><br></div><div></div>The repeat masking-related parameters in my maker-opts.ctl file are:<br><br><span style="font-family:monospace,monospace">model_org=all #select a model organism for RepBase masking in RepeatMasker<br>rmlib=consensi.fa.classified #provide an organism specific repeat library in fasta format for RepeatMasker<br>repeat_protein=/Home/pioannid/Programs/maker/data/te_proteins.fasta #provide a fasta file of transposable element proteins for RepeatRunner<br>rm_gff= #pre-identified repeat elements from an external GFF3 file<br>prok_rm=0 #forces MAKER to repeatmask prokaryotes (no reason to change this), 1 = yes, 0 = no<br>softmask=1 #use soft-masking rather than hard-masking in BLAST (i.e. seg and dust filtering)<br></span><br>Does anyone have an idea why I'm getting so many transposases?<br><br></div>Thanks,<br></div>Panos<br></div>
</blockquote></div><br></div>