<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8000001907349px">Dear MAKER developers,</span><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">I am using Maker to annotate a new protozoan species (Cystoisospora suis), I am trying to incorporate TopHat/Cufflinks evidence from RNA-Seq but some genes still do not get annotated.</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">I attached a screenshot from IGV, in which I use separately Augustus, Cufflinks and then various run of Maker incorporating TopHat and /or Cufflinks as evidence. The single exon genes are constantly not predicted (ie. gene under the label g.38.t1). I have also played around  with the single_exon option. I didn't find any similar post in the wiki.</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">I would really appreciate some hints on how to proceed.</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Kind regards,<br>Nicola</div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Nicola Palmieri<div>Postdoctoral fellow<br>Institut für Parasitologie<div>Vetmeduni Vienna</div></div></div></div>
</div>