<div dir="ltr">Ok. seems to be related with BLAST then ? I turned the rapsearch flag on (in the 3.0 beta version) expecting to rapsearch being run over blast.<div><br></div><div><div>BLAST options error: File tmp-dir/maker_k2Axy1/0/blastprep/te_proteins%2Efasta.mpi.10.0 does not exist</div><div>ERROR: /opt/tools/ncbi-blast-2.2.31+/bin/makeblastdb failed in Widget::formater</div><div>--> rank=NA, hostname=<a href="http://cebal.example.com">cebal.example.com</a></div><div>ERROR: Failed while doing blastx repeats</div><div>ERROR: Chunk failed at level:1, tier_type:1</div><div>FAILED CONTIG:scaffold_1</div><div><br></div><div>ERROR: Chunk failed at level:2, tier_type:0</div><div>FAILED CONTIG:scaffold_1</div></div><div><br></div><div><br></div><div>Pedro</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-11-02 16:16 GMT+00:00 Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">You need to look at your STDERR as the datastorem log just gives you a summary of what failed but not why.  The cause of the error will be somewhere in your job's STDERR.  You can capture the STDERR to a file by redirecting it.<div><br></div><div>For example, in bash shell —> maker 2> stderr.log</div><div><br></div><div>—Carson</div><div><br><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div>On Nov 2, 2015, at 7:57 AM, Pedro Barbosa <<a href="mailto:psbpedrobarbosa@gmail.com" target="_blank">psbpedrobarbosa@gmail.com</a>> wrote:</div><br></div></div><div><div><div class="h5"><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Hello,</span><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I'm unable to run MAKER properly as the datastore_index.log file shows a FAILED run for all the scaffolds.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Inspecting the log files from the output directory i see that it always dies when repeatrunner is invoked.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><div><i>STARTED scaff-1k.maker.output/scaff-1k_datastore/3A/5C/scaffold_13//theVoid.scaffold_13/0/scaffold_13.0.consensi%2Efa%2Eclassified%2Empi%2E10%2E9.specific.out</i></div><div><i>FINISHED        scaff-1k.maker.output/scaff-1k_datastore/3A/5C/scaffold_13//theVoid.scaffold_13/0/scaffold_13.0.consensi%2Efa%2Eclassified%2Empi%2E10%2E9.specific.out</i></div><div><i>STARTED scaff-1k.maker.output/scaff-1k_datastore/3A/5C/scaffold_13//theVoid.scaffold_13/0/scaffold_13.0.te_proteins%2Efasta.repeatrunner</i></div><div><i>DIED    RANK    0:2:0:0</i></div><div><i>DIED    COUNT   1</i></div></div><div style="font-size:12.8px"><i><br></i></div><div style="font-size:12.8px">Afterwards, I realized that repeatrunner is no longer included internally in MAKER, so I installed and included it in the system path. The error remained.</div><div style="font-size:12.8px">I tried to remove the parameter 'repeat_protein' from the opts control file, because apparently repeatrunner is called when we provide a set of transposable elements. No success again.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I tested both with the MAKER v2.31.8 and v3.00.0 beta, but the problem doesn't seem to be version related. Please find attached the maker_opts file that i used to run.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Could you help me with this ? </div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Best regards,</div><div style="font-size:12.8px">Pedro Barbosa</div></div>
</div></div><span><maker_opts.ctl></span>_______________________________________________<br>maker-devel mailing list<br><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br><a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></div></blockquote></div><br></div></div>