<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Hello,</span><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I'm unable to run MAKER properly as the datastore_index.log file shows a FAILED run for all the scaffolds.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Inspecting the log files from the output directory i see that it always dies when repeatrunner is invoked.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><div><i>STARTED scaff-1k.maker.output/scaff-1k_datastore/3A/5C/scaffold_13//theVoid.scaffold_13/0/scaffold_13.0.consensi%2Efa%2Eclassified%2Empi%2E10%2E9.specific.out</i></div><div><i>FINISHED        scaff-1k.maker.output/scaff-1k_datastore/3A/5C/scaffold_13//theVoid.scaffold_13/0/scaffold_13.0.consensi%2Efa%2Eclassified%2Empi%2E10%2E9.specific.out</i></div><div><i>STARTED scaff-1k.maker.output/scaff-1k_datastore/3A/5C/scaffold_13//theVoid.scaffold_13/0/scaffold_13.0.te_proteins%2Efasta.repeatrunner</i></div><div><i>DIED    RANK    0:2:0:0</i></div><div><i>DIED    COUNT   1</i></div></div><div style="font-size:12.8px"><i><br></i></div><div style="font-size:12.8px">Afterwards, I realized that repeatrunner is no longer included internally in MAKER, so I installed and included it in the system path. The error remained.</div><div style="font-size:12.8px">I tried to remove the parameter 'repeat_protein' from the opts control file, because apparently repeatrunner is called when we provide a set of transposable elements. No success again.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I tested both with the MAKER v2.31.8 and v3.00.0 beta, but the problem doesn't seem to be version related. Please find attached the maker_opts file that i used to run.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Could you help me with this ? </div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Best regards,</div><div style="font-size:12.8px">Pedro Barbosa</div></div>