<div dir="ltr">Hi Mike (list copied for future reference),<div><br></div><div>I found your very nice protocols paper on using Maker from 2014.  I’ve been following it to the letter as I’m wrapping up my annotation project.</div><div><br></div><div>I’ve located your <a href="http://quality_filter.pl">quality_filter.pl</a> script and am using it on my GFF files to create maker standard and maker default data sets from my maker-max GFF file.  I’m noticing that perl complains a lot while this is running about “use of uninitialized value”.  This occurs on two separate passes as far as I can tell.  When generating the “maker standard” file, it occurs for many lines in my GFF file as:</div><div><br></div><div>Use of uninitialized value $array[2] in pattern match (m//) at /mnt/home/jgallant/<a href="http://quality_filter.pl">quality_filter.pl</a> line 50, <GEN0> line Y.<br></div><div><br></div><div>And then later it complains again with a similar message</div><div><br></div><div>Use of uninitialized value $array[2] in string eq at /mnt/home/jgallant/<a href="http://quality_filter.pl">quality_filter.pl</a> line 92, <GEN1> line X.<br></div><div>Use of uninitialized value $array[2] in string eq at /mnt/home/jgallant/<a href="http://quality_filter.pl">quality_filter.pl</a> line 96, <GEN1> line X.<br></div><div>Use of uninitialized value $array[2] in string eq at /mnt/home/jgallant/<a href="http://quality_filter.pl">quality_filter.pl</a> line 100, <GEN1> line X<br></div><div><br></div><div>Any insights as to what causes this?  I seem to get a fully formed GFF3 file out the other side, but the command line fills with these messages and makes me nervous that something isn’t right.</div><div><br></div><div>I’d appreciate any thoughts!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Jason Gallant</div></div>