<div dir="ltr">Hi Everyone,<div><br></div><div>Another nitty gritty question, probably directed at Carson once more.</div><div><br></div><div>I decided to make one more go at my maker annotation, this time turning on alt_splice=1.   I have been keeping keep_preds=1 on to export the “max” dataset as detailed in Campbell et al (2014), with the hopes of “rescuing” genes that have IPR domains do not have evidence.</div><div><br></div><div>Everything works swimmingly when alt_splice=0, but when activated, the run behaved normally— I ran gff3_merge and fast_merge to obtain proteins and transcripts, and found that as predicted the resulting fasta files contained more proteins than the initial run.</div><div><br></div><div>I ran IPR scan and now am trying to update my GFF3 file to obtain the “maker standard” dataset— what I am noticing is a sudden complaint by the ipr_update_gff script about use of an uninitialized value.  </div><div><br></div><div>This appears to have happened to others:</div><div><a href="https://groups.google.com/d/msg/maker-devel/dM4WvyghYks/BboRZQLmEF8J">https://groups.google.com/d/msg/maker-devel/dM4WvyghYks/BboRZQLmEF8J</a><br></div><div><br></div><div>And indeed, I can verify that the first protein listed in my fasta file is only listed as “augustus_masked”  match/match part in the original GFF3 file.</div><div><br></div><div>If I understand the ipr_update_gff script correctly, this transcript will be ignored because it lacks the mRNA type.  Is this expected naming behavior for the alternative splicing?  I would have expected the alternative splice variants to be listed as alternative mRNAs under the same parent gene?  Is there some sort of misconfiguration or am I expecting incorrectly?</div><div><br></div><div>Hopes for any help you all can provide in diagnosing</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Jason Gallant</div></div>