<div dir="ltr">I'll look into that thanks. I had been previously just been looking for things in regards to the script itself and its functionality.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 22, 2016 at 3:01 PM, Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div>Hi John,</div><div><br></div>Do you mean the match/match_part features that are source snap_masked? Those are not genes, they are reference alignments representing the ab initio SNAP calls, and it would be incorrect to rename them.  They do not have a 1 to 1 relationship with the final gene models.  Sometimes a gene model will overlap 2 or more uninformed SNAP ab initio reference alignments, or one SNAP reference alignment may overlap multiple final gene models, so names cannot just be passed from one to the other.<div><br></div><div>If you want to add specific SNAP models to the final annotation set, you would need to upgrade them to being a gene/mRNA/exon/CDS feature before you can do that. You can do that with manual editors like Apollo, or you can supply a subset of the features you want to upgrade to maker in the pred_gff= option as a separate run, put existing models in model_gff=, and run with keep_preds=1.</div><div><br></div><div>I know I have covered this previously in greater detail as part of the devel list. If you search the archives for the keywords pred_gff, keep_preds, and iprscan you should come across a number of threads that may be helpful —> <a href="https://groups.google.com/forum/#!forum/maker-devel" target="_blank">https://groups.google.com/forum/#!forum/maker-devel</a> </div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Carson<br><div><br></div><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div>On Jan 22, 2016, at 2:38 PM, John Cornelius <<a href="mailto:jcornel3@asu.edu" target="_blank">jcornel3@asu.edu</a>> wrote:</div><br></div></div><div><div><div class="h5"><div dir="ltr">Hi, I'm using the maker_map_ids script to change the gene ids on an annotation that I just finished. However, I noticed that it does not change the name of genes predicted by SNAP. Is there any way to include SNAP genes for consideration by maker_map_ids? Thanks.<br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">John Cornelius<br>MCB PhD Candidate<br>Arizona State University<br></div></div>
</div></div></div>
_______________________________________________<br>maker-devel mailing list<br><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br><a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">John Cornelius<br>MCB PhD Candidate<br>Arizona State University<br></div></div>
</div>