
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">MAKER doesn’t support alternate codon usage yet.<div class=""><br class=""></div><div class="">—Carson</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Jan 29, 2016, at 3:12 AM, Panos Sapou <<a href="mailto:sapuizait@gmail.com" class="">sapuizait@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div class="">Dear all<br class=""><br class=""></div>I am trying to annotate a new spiroplasma strain and I would like to know if there is a way to change the stop codons (not take into account 'tga')<br class=""><br class=""></div>cause eitherwise I get too many premature stop codons and fragmented genes that are not real<br class=""><br class=""></div>Best<br class=""></div>Panos<br class=""></div><div class="gmail_extra"><br class=""><div class="gmail_quote">On 27 January 2016 at 14:14, Panos Sapou <span dir="ltr" class=""><<a href="mailto:sapuizait@gmail.com" target="_blank" class="">sapuizait@gmail.com</a>></span> wrote:<br class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr" class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div class="">Dear all<br class=""><br class=""></div>I recently started using maker for the annotation of my prokaryotic genomes and even if i managed to get some nice results I would like to check with you if what I did was right and also ask you a couple of questions about the procedure<br class=""><br class=""></div>I also apologize in advance if I ask sth silly since I am a newbie in bionformatics and I might ask very basic stuff<br class=""><br class=""><br class=""></div>I have only available DNA sequences, I have no ESTs and no proteins<br class=""><br class="">1) I started by using the protein2genome option and as reference I used the Uniref50 database. Then I generated a merged gff file (similar procedure like the one in the tutorial maker)<br class=""><br class=""></div>2) I used Genemark.S and I created a model by using the <a href="http://gmsn.pl/" target="_blank" class="">gmsn.pl</a> command and as input the assembled contigs of my bacteria<br class=""><br class=""></div>3) after finishing the above 2 steps I run maker again by using as input the gff file from step 1: #-------Re-annotation using maker derived GFF3: maker_gff=input.gff<br class=""></div>and I also set<br class=""></div>protein_pass=1<br class=""></div>is that correct? do you think it helps?<br class=""></div>and at the #-----gene prediction I used the hmm.mod file generated in step 2 <br class=""><br class=""></div>my questions:<br class=""></div>Do the above sound correct?<br class=""><br class=""></div><div class="">it is in my understanding that I can only use genemark for prokaryotic genomes, is that correct?<br class=""></div><div class=""><br class=""></div>when I run maker the second time (step 3) should I set protein2genome=1 or 0? or just having the gff file (from step 1) in the re-annotation options is enough? and thefore prediction based on the protein2genome has already been done?<br class=""><br class=""></div>Also if I use a gff file (from step 1) will it make any difference if I set protein2genome=1 and use an extra (different) database? (I was wondering if it will improve the results?)<br class=""><br class=""></div>finally regarding the choice of the database: would you advise me to use uniref or the proteomes of closely related bacteria (I have downloaded and created a single fasta from appx 100 proteomes of closely related bacteria)<br class=""></div><div class=""><br class=""></div>thank you in advance <br class="">and once again I apologize if it is pretty basic what I am asking, just wanted to make sure...<br class=""><br class=""><br class=""></div>Best<span class="HOEnZb"><font color="#888888" class=""><br class=""></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888" class="">Panos<font face="Tahoma" size="2" class=""><span style="font-size:10pt" dir="ltr" class=""></span></font><br class=""><div class=""><div class=""><div class=""><div class=""><br class=""></div></div></div></div></font></span></div>

</blockquote></div><br class=""></div>

_______________________________________________<br class="">maker-devel mailing list<br class=""><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" class="">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br class="">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org<br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>