
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class="">Hi Karen,</div><div class=""><br class=""></div>There are many ways to train Augustus. I prefer to identify gene models in MAKER (GFF3) and use those to train both SNAP and Augustus. Here is a previous post on the topic —> <a href="https://groups.google.com/forum/#!searchin/maker-devel/augustus/maker-devel/FWMSTdqWQqI/lC3miQtiCpwJ" class="">https://groups.google.com/forum/#!searchin/maker-devel/augustus/maker-devel/FWMSTdqWQqI/lC3miQtiCpwJ</a><div class=""><div class=""><br class=""></div><div class="">In the end you need to look at the SNAP and Augustus models together with evidence alignments in a genome browser (like desktop Apollo). When everything is trained well, both SNAP and Augustus models will look like each other and both seem to look like the evidence alignments.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thanks,</div><div class="">Carson</div><div class=""><br class=""><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Feb 4, 2016, at 5:52 PM, hcma <<a href="mailto:hcma@uci.edu" class="">hcma@uci.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="">Hi,<br class=""><br class="">I have a genome sequence and Trinity assembly for a new species and I am wondering what are the best steps to take when using MAKER?<br class=""><br class="">1. I used the genome sequence and all assembled Trinity sequence to do first run of MAKER in order to generate training set for SNAP and Augustus.<br class=""><br class="">In maker_opts.ctl:<br class="">genome=all-chromosome-r1.04.fasta<br class="">est=Trinity.fasta<br class="">est2genome=1<br class=""><br class=""><br class="">2. Train SNAP<br class=""><br class="">3. Train Augustus<br class=""><br class="">When i train Augustus, i only supply genome and protein file, should i also supply the trinity file here?<br class=""><br class=""><br class="">4. what's the best parameter to use when running MAKER the second time for obtaining the final annotation? I would prefer not to use any external protein data.<br class=""><br class="">genome=all-chromosome-r1.04.fasta<br class="">est=Trinity.fasta<br class="">est2genome=0<br class="">SNAP<br class="">Augustus<br class=""><br class="">Thanks.<br class=""><br class="">Best Regards<br class="">KAren<br class=""></div></div></blockquote></div><br class=""></div></div></div></body></html>