<div dir="ltr">Hi guys,<div><br></div><div>I have a few questions regarding annotated features in the GFF file built by Maker.</div><div><br></div><div>1) I'm a bit confused about the annotations coming from "est2genome" and "blastn", because they both give "expressed_sequence_match" features. So, what's the difference between them? How do the EST matches from est2genome differ from those from blastn?</div><div><br></div><div>2) Same goes for "protein2genome" and "blastx", since they both give "protein_match" features.</div><div><br></div><div>3) Last, what is the difference between the partial matches and full-length matches? For example, in almost all cases where est2genome gives an "expressed_sequence_match" feature for a genomic area, it also gives a "match_part" feature for sub-areas within this area. What is the meaning of this? I'm pasting one such area, below.</div><div><br></div><div><div><font face="monospace, monospace">scaffold3|size1771164   est2genome      expressed_sequence_match        21953   22276   949     +       .       ID=scaffold3|size1771164:hit:1901:3.2.0.0;Name=C24476_a_3_0_l_241</font></div><div><font face="monospace, monospace">scaffold3|size1771164   est2genome      match_part      21953   22035   949     +       .       ID=scaffold3|size1771164:hsp:1902:3.2.0.0;Parent=scaffold3|size1771164:hit:1901:3.2.0.0;Target=C24476_a_3_0_l_241 1 83 +;Gap=M83</font></div><div><font face="monospace, monospace">scaffold3|size1771164   est2genome      match_part      22148   22276   949     +       .       ID=scaffold3|size1771164:hsp:1903:3.2.0.0;Parent=scaffold3|size1771164:hit:1901:3.2.0.0;Target=C24476_a_3_0_l_241 84 215 +;Gap=M104 D2 M7 I4 M8 I1 M8</font></div></div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Panos</div></div>